光绪十年左右，一个以看病、钉秤、补碗为生的底层人物江西人刘泳，来到福建古田，在当地成立了一个吃素的教会：古田斋教。因为吃素，「斋」字又和「菜」字音近，所以又称之为「菜会」，教中的信众互相称之为「菜友」。
菜教供奉弥勒佛，因为许诺现世平安，以及来世投生到富贵人家，加上会里有一些江湖郎中确实能治好一些小毛小病，所以发展迅猛，吸纳了大量当地的苦力、手工艺人、以及一些鸦片成瘾者。
这些底层人物组合在一起，并没有改变生活的窘迫，反而加剧了自身和社会的摩擦。
首先是不同教会之间的信仰纠纷。福建历来是西方传教士活动非常频繁的一个省份，当地有不少民众入了西方教会。于是常常因为信仰问题互相鄙视，比如争论耶稣和弥勒哪个更高贵神通一些。还有些时候涉及到土地和钱财等实际问题，也会因为信仰了不同的教而加深误会，以至于大打出手，伤及人命。在信仰问题导致的纠纷上，西方传教士本身倒没有插手太多，反而是当地的中国人自己斗个不停。
与之相比，斋教和政府之间的矛盾要来得更加激烈，到甲午战争战败之后，清政府的赔款达到全年财政收入的 2.5 倍。底层百姓的负担越来越重，对官方的仇视也就与日俱增。斋教的菜友本就多是朝不保夕者，加入组织，更增加了聚众闹事的底气，常常自备军器，四处劫掠，攻击县衙，甚至公开张贴“官逼民反”的告示。
当时的知县见情形不妙，连忙封闭城门，向上告急。英国传教士史荦伯也向英国驻福州领事提醒，称当地民众有起事的意图。很快，福州参将带了大约 200 名清军前来维持秩序。
军队的到来，在斋教内部引起了恐慌，以为自己即将受到严厉的镇压，一合计，不如先下手为强，干脆提前武装起义。
但是在起义之后攻打何处的问题，斋教内部又形成了三种不同的意见：第一是直接攻打县衙，第二是打劫周边村子里的富裕人家，第三种意见最不可思议，是攻打在华山避暑的西方传教士。第二种意见被很多人反对，因为有不少菜友本身就来自于那个村子，不希望祸及自身。攻打县衙的计划大约也有难度，毕竟有兵把守，而去杀死西方传教士大概来得最简单，因为他们不会有防备，一来可以报平时私怨，二来可以抢劫洋人的财宝作为军费，三来可以激化清政府和西方的矛盾，从而坐收渔翁之利。
也不是没有人反对第三条意见，一个曾在县衙任职过的名叫张涛的人便反对向无辜者下手，于是有人提议抓阄。军师郑九九亲自做了两个纸团，但两个都写了“华山”。他原来也是信西方教会的，但因为一点事被停了薪水，特别痛恨洋人。于是在第一个纸团被揭开之后，斋教的首脑们便领着菜友们向华山进发了。
出发时大约有两三百人，但听说要去杀人了，沿途陆续有人逃跑，到达时只剩百来人，真正动手的更少。但因为是在深夜，而西方传教士又毫不知情，略无防备，于是一场对手无寸铁的无辜者的屠杀便拉开了帷幕。
一些后来的供词是这么形容的。
「小的执旗在门口主令，见四个洋姑娘跑出，被十几个人围住，小的就摇旗喊杀……用刀叉乱砍乱戳，死在一堆。」
「小的是由洋房外走到后门外，见一洋姑娘年约二十余岁，就用铁叉叉伤倒地。又进洋房见一女洋人约三十岁，用铁叉将她戳死。转身走出到隔数间民房内，见一洋姑娘，小的赶前用铁叉向她胸膛戳去。」
在杀死了 11 名传教士，包括史荦伯夫妻，和他六岁的儿子、13 个月大的女儿之后，菜友们焚烧了屋舍，扬长而去。
案件一经曝光，西方震惊，英国对清政府十分强硬地提出了要严办凶手、保护其他传教士生命和财产的要求。因有一名美国女传教士也在案中受伤，美国也派海军军官与英国领事组成了调查委员会，对清政府施加压力。李鸿章时在伦敦，多次电报敦促清政府尽快妥善处置，以免扩大影响。
迫于压力，清政府很快就捉拿到了斋教一干人等，并从重处罚。包括匪首刘泳在内的 26 人被处以死刑，17 人永久充军，5 人被判无期，27 人 10 年有期，5 人 5年有期，另有 5 人抱石墩三年，5 人抱石墩六个月，2 人枷锁两个月。
古田教案以官民矛盾为始，以屠杀传教士为终，故事的走向和时代一样，扭曲、窘迫、残忍。
