前面分析过了，rum才是本作的boss，因此到这个阶段，漫画就实质性地进入决战了。
在大冈家族叛变后，整体局势将发现重大变化。虽然灰原也是知道组织机密的人，但她势单力薄，一直因为担心牵连到无辜的人而不肯随意透露消息，而且她是研发药物的人，因此除了有关组织技术方面外就很难给出有价值的情报。但大冈家族不一样了，那是和铃木集团一样的资本家，组织可没办法直接灭掉这个失去掌控的大家族，因此大冈家族的叛变将会带来大量组织机密，尤其是关于组织人脉方面的，这方面的信息对于红方是极其重要的。另外，波本在此事件后大概也能成功进入高层，带来重要情报。
在伊织暴露后，rum自然会因为这一系列事件发生得太巧而怀疑是不是之前他的身份就泄露了，于是会调查各种可能导致他暴露的事件，那么当然会去调查他初登场那次事件，很可能会以家访之类的名义前往毛利家询问（顺便查看小五郎是否真的对组织一无所知），然后小五郎提到那天他身心俱疲地回家，看到咖啡店疑似出事，然后吃着有粉丝的咖喱看洋子的节目，小兰会说那天她忘记放酱油于是改做咖喱，rum根据两人神态等判断他们说的是实话，说明伊织身份泄露与他们无关（除了可能会发生这样的情节，我实在是想不明白为什么要画忘放酱油改做咖喱的剧情），然后在询问一些问题判断毛利家真的不知道组织。
这之后，毛利小五郎大概率会被瑛佑牵进主线。在水无逃离组织后，无论是红方还是黑方都会去寻找瑛佑，不过以瑛佑的能力有可能在别人找到他之前就率先察觉到异常而离开美国，那么他最有可能会去的就是毛利家寻求柯南帮助。前面复盘漫画时分析了，小五郎曾相信水无的短信而暗中保护过他，但后来因为血型问题以为自己搞错了。于是瑛佑和小五郎见面后，小五郎会因为认为他不是水无的弟弟而直接赶他走，瑛佑奇怪他以前说过欢迎他过来而询问原因，小五郎就直接把短信的事情告诉了瑛佑，瑛佑见小五郎看过短信以为他知道组织，于是说漏柯南的身份，如果这个时候安室透和胁田在身边就好玩了。
小五郎在红黑对决中比较有可能会发挥“毛利排除法”的作用，毕竟有个要抽中一定不能抽到的东西很准的设定嘛……另外我觉得大概会有给小五郎展现枪法的机会，警校五人组的番外里都把他设定成了传奇级别的人物，在本篇里炫一次枪法帅气一回也不是不行吧。
连小五郎都进主线了，那么小兰肯定也会进主线。小兰被牵扯进来的契机大概有三点：一是满月篇贝姐相关，之前贝姐扮小梓时小兰就察觉到什么了，这可能还会有后续；二是回忆起和世良见面的场景，有可能是在谈自己为什么学空手道时想起来，虽然说小兰是因为崇拜前田聪而学空手道，但完全可以加一个以前看到秀一用截拳道帮新一解围于是想学那个招数、但是后来忘了是什么招数就开始关注格斗、然后开始崇拜前田聪而学空手道的设定，在回想起世良一家后发现她妈妈和曾经见过的和世良在一起的小女孩很像；三是真正发现柯南的身份，到这个时候柯南应该散播双胞胎弟弟这种不靠谱的传言了（而且应该会为了让别人注意到柯南和新一的关系想办法提升“基德杀手”这个称号的名气，好让人来对比柯南和新一的能力），小兰会从这个奇怪的言论得出新一出于什么原因不得不假死，在回想起世良见面场景后有了人会变小的认知，那么她就能大致猜出新一遇到的状况，在这种情况下小兰应该不会主动拆穿柯南的身份而是选择默默等待柯南消失的那天，但如果剧情真的就这么发展就太没戏剧性了，所以我觉得大概会在局势发展到了小兰知道组织的存在反而会更安全的情况下，柯南主动坦白身份。
73说过已经有小兰的职业设定伏笔，理论上大概率是要当演员的。那么在组织对决中，最好有表现小兰演技的剧情，比如假装不知道组织的存在。漫画里多次提到小兰像明美，我觉得小兰还有可能在红黑对决中发挥类似于明美短信ps的作用。
毛利父女都进了主线，那妈妈当然也会进主线。妃英理是名律师，因此遇到关于组织行为法律上的问题就需要她的出场了，毕竟组织有些东西是超自然的东西，在定罪方面是很麻烦的，百战百胜的名律师才有能力处理这些问题。当然这对小五郎来说就有点接受不了了，毕竟这样会导致她遇上危险，这次事件有可能是他们和好的契机……吧……我觉得还是打败组织比较容易……
在对组织的定罪方面，主要有两个地方比较麻烦：一是羽案凶手的问题，二是boss的问题。羽案存在务武这个目击证人，但是由于rum服用a药冻龄了，只有务武是无法判断现在的rum是凶手，必须证明17前那个人和现在的rum是同一个人，那就要证明旧版a药的存在，以及rum是a药服用者。证明旧版a药的存在在验证沙朗和克里斯是同一个人后算是解决了，但证据在fbi内，而fbi内有组织内奸，很有可能再次发生茱蒂父亲那样的事，因此还需要揪出所有内奸。而证明rum服用了a药就要给rum服用解药，鉴于rum的武力值，理论上就必须是贝姐或者波本来做。给rum服下解药还有一个好处，那就是削弱她的武力值，这样才可以逮捕得了她，这样的话暂时性的解药就不能给她服用了，否则一旦她恢复青春，那个战力绝对能轻松逃跑（京极真能打断柱子，rum打破墙应该是没问题的）。boss的问题应该会由柯阿笠博士等人来解决，阿笠博士家疑似有组织要的东西，那个太阳月亮星星暗号有天体梗，可能宝藏是那个陨石碎片，不过当时去别墅时并没有找到真正的宝藏，有可能那个陨石已经流落到其他地方了，当然也有可能在无意中已经拿回来了。有了那个陨石后，阿里博士应该就能制作出消除乌丸莲耶意识的道具，这样就能救出贝姐的父亲了。不过这个操作涉及到两个法律问题，一是消除乌丸莲耶意识算不算杀人，二是大黑本人要不要对过去的行为负责。当然了妃英理肯定能给出满意的答复。
在水无回归后，fbi这边可以借此机会说怀疑内部有内奸，从而展开内部调查。fbi内奸导致了羽案，茱蒂父母死亡也很有可能是这位内奸导致的，这样看詹姆斯、秀一、茱蒂vsfbi内奸理论上就是复仇。
而警视厅卧底应该就是由公安这边解决。主要的几位警察大概也会参与进来，毕竟伊织的计划失败后整个羽案都会被重新重视，而且由美肯定不会对男友差点被害的事情无动于衷。
伊织计划的失败对组织造成了重大的不利影响，但rum作为能命令贝姐、波本这种神秘主义者的二把手，在拉拢人心上应该是有一手的，对于别人“好不容易”救回来的亲信应该不会直接就杀了他，伊织身上有“忠诚的仆人”的梗，他应该是忠于rum的，所以可能伊织自己想以死谢罪，rum让去执行一项把自己作为弃子的计划来对抗红方。这样的剧情安排的好处在于可以让天花板的优作也吃一次瘪，目前推算出的剧情都是红方胜利，如果黑方没有一次胜利的话剧情就会显得比较平淡，但毕竟优作能力比rum强，不能让红方因为能力问题而吃瘪，而因为rum抛弃忠心的手下、手下心甘情愿地被抛弃这种对于红方难以理解的人性问题而出现判断失误就没有问题了。
这次把伊织作为弃子的计划比较大的可能是用来试探工藤夫妇的潜在人际关系，毕竟伊织暴露的一系列都很巧合，rum重新怀疑工藤夫妇是很正常的。如果rum从侦探团那里听说银行抢劫案有人开枪而此时茱蒂还是昏迷状态，又注意到了猫叫暗号，发现小林老师有异常，那么rum想得出真相就不难了。这样的话剧情就会变得很刺激了。
那么接下来红方又该如何才能翻盘？
这时候就要妖怪猎人山村操登场了。若狭出场几乎每次都会遇上危险，其中已经两次和地下室有关了，也许是在暗示未来她会把少年侦探团他们关在地下室里。目前唯一一次没有遇上危险的就是和山村操一起的时候，且此案中凶手是老师，结合山村操的捉妖梗，大概到时候是操哥无意中救了大家，并且还导致若狭暴露自己不是好人，使她不得不离开学校。于是红方至少可以合法逮捕若狭（虽然没法捉到），山村操应该会被保护起来，公安这边就能从他身上获取警视厅内奸的一些情报。
说到捉妖，服部也有捉妖梗。服部捉妖次数比山村操还多，应该会在与rum对决中发挥比操哥还要重要的作用。他首次捉妖应该是在蜘蛛公馆案，这是250系列的案件，里面有对双胞胎女孩，有美国要素（犯人），有因幡之白兔的要素，疑似在暗示贝姐过去的经历和a药，可能服部才是那个给rum喂下解药的人。
虽然漫画是全龄向，但毕竟是到了决战，红黑方无人死亡的概率是不大的。红方目前看起来最危险的是黑田和波本，黑田目前单独出场时已经有两次涉及到警察死亡，还不止一人，可能是在暗示未来会有不止一个警察牺牲，黑田自己牺牲的概率很大，他的下属波本本来就是死亡flag立满了，因此也有很大的概率牺牲。黑方rum和琴酒有概率会死。rum是赤井家的仇人，玛丽是拥有权力射杀犯人的，因此可能会出现玛丽杀死rum的剧情；琴酒和柯南应该会致敬福尔摩斯，估计最后是两人同归于尽但柯南活了下来。除此之外就不知道还有谁会死亡，或者说我希望其他人都活下来吧……
最后组织被解决了，新一恢复原样后，小五郎不能像以前一样沉睡了，他此前有不少主持和演戏的经历，可能会转行吧（或者说这个行业更适合他）。灰原应该不会恢复身体，重新开始人生对她来说是最好的选择，估计最后会把名字“哀”改为“爱”吧，毕竟一路下来从一无所有到获得童年、爱好和亲人，也不会再用“哀”来形容自己了。
