诺禾单细胞团队自2019年成功研发组织抽核技术以来，已承接各种组织类型的抽核服务，故此我们推出了单细胞样本制备之组织抽核系列，旨在跟大家分享交流组织抽核的项目经验。上一篇我们依托于脑组织抽核跟大家详细介绍了组织抽核适用的样本类型、优劣势、详细的实验步骤、实验方案及结果判定等内容。
此系列涉及到脑、肝、肾等不同的组织类型，本期我们就兑现承诺，跟大家分享其他组织类型的抽核结果，话不多说我们直接上结果！
诺禾单细胞测序样本组织抽核部分项目经验
表一组织抽核部分项目经验
我们在抽核方面做了大量探索，基于经验，组织抽核这种样本处理方式比较适合脑组织、心脏组织、肝脏组织、肾脏组织。下面就为大家一一介绍：
心脏组织抽核结果展示（小鼠）
心脏组织因为心肌组织的直径比较大，所以如果消化成单细胞悬液大部分心肌细胞会被过滤掉，导致无法通过测序结果分析到组织中心肌细胞的表达谱。
组织抽核后的核悬液要进行质检：显微镜下观察核膜的状态（要求核膜透亮且完整）及在计数仪上统计浓度和活性。
上一步的质检仅是初步判定抽核的效果，最终结果的好坏及可用性需要拿到数据质控报告后进行评估。下图展示的是小鼠心脏组织的测序结果（cellranger count），各项指标均可。
进一步分析测序结果中的细胞组成，主要通过测序后的cloupe文件结合已发表文献中细胞类型的经典marker（表二为汇总的小鼠心脏组织不同细胞类型的高表达基因，供大家参考）定义，其中细胞直径比较大的心肌细胞占比高达56%，解决了悬液制备无法获得心肌细胞的问题。
表二小鼠心脏组织各细胞类型Marker
肝脏组织抽核结果展示（小鼠）
肝脏组织因为肝实质细胞比较脆弱，在悬液制备的过程中大部分肝实质细胞会破碎，导致最终分析结果中肝实质细胞的占比很低，不能反映组织中真实的细胞占比状态。
组织抽核后的核悬液质检结果如下：显微镜下观察核膜的状态（要求核膜透亮且完整）及在计数仪上统计浓度和活性。
初步的数据质控报告（cellranger count）结果如下，从结果来看基因中位数在2000以上，各项指标均非常优秀。
进一步分析测序结果中的细胞组成，主要通过测序后的cloupe文件结合已发表文献中细胞类型的经典marker（表三为汇总的小鼠肝脏组织不同细胞类型的高表达基因，供大家参考）定义，其中肝实质细胞占比高达77%，组织抽核解决了悬液制备中肝实质细胞因脆弱易降解的问题。
表三小鼠肝脏组织各细胞类型Marker
肾脏组织抽核结果展示（小鼠）
通过总结以往的项目经验，发现肾脏组织进行悬液消化后测序结果中肾小管细胞的占比很低。
组织抽核后的核悬液质检结果如下：显微镜下观察核膜的状态（要求核膜透亮且完整）及在计数仪上统计浓度和活性。
初步的数据质控报告（cellranger count）结果如下，从结果来看基因中位数为1900，各项指标均不错。
进一步分析测序结果中的细胞组成，主要通过测序后的cloupe文件结合已发表文献中细胞类型的经典marker（表三为汇总的小鼠肾脏组织不同细胞类型的高表达基因，供大家参考）定义，其中肾小管细胞占比高达68%，占比1%的足细胞也被测到。
表四小鼠肾脏组织各细胞类型Marker
脊髓组织抽核结果展示（小鼠）
上篇我们已经详细介绍了脑组织的抽核细节，最后我们再展示下神经类的另外一种类型脊髓的抽核结果。组织抽核后的核悬液质检结果如下：显微镜下观察核膜的状态（要求核膜透亮且完整）及在计数仪上统计浓度和活性。
初步的数据质控报告（cellranger count）结果如下，从结果来看基因中位数为1400，各项指标均不错。
进一步分析测序结果中的细胞组成，主要通过测序后的cloupe文件结合已发表文献中细胞类型的经典marker定义，从结果来看各种细胞类型齐全。
以上为诺禾单细胞心、肝、肾及脊髓组织抽核的项目经验总结，仅供大家参考哈。
