ENA数据路径下载
- 在GEO页面找到BioProject或SRA的编号
GEO数据库页面
SRA数据库下载SRA文件还需要转换，
而ENA数据库可以直接下载FASTQ文件，还有md5校验文件。
- 打开ENA页面输入BioProject编号，随后点击Show Column Selection，选择想要下载的数据类型。
ENA数据库页面
- 只需要勾选fastq_aspera和fastq_md5就行，其余的看自己的需要。最后点击TSV下载。
下载的TSV就是这样的表，我们之后会用到这里的路径。
例如，fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR138/075/SRR13858475/SRR13858475_1.fastq.gz
下载路径
Aspera软件工具安装
- 通过conda下载Aspera软件
#通过conda下载
conda create -n download
conda activate download
conda install -y -c hcc aspera-cli
conda install -y -c bioconda sra-tools
#查找aspera位置
which ascp
#~/.conda/envs/download/bin/ascp
#从bin开始换成etc/asperaweb_id_dsa.openssh
#确认找到密钥位置
ls -lh ~/.conda/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh
- 输入密钥路径；在era-fasp@后输入之前表中的路径。就可以运行下载数据了。
ascp -QT -l 300m -P33001 \
-i ~/.conda/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR138/075/SRR13858475/SRR13858475_1.fastq.gz ./
## 主要使用参数
#-v 详细模式
#-Q 用于自适应流量控制，磁盘限制所需
#-T 设置为无需加密传输
#-l 最大下载速度，一般设为500m
#-P TCP 端口，一般为33001
#-k 断点续传，通常设为 1
#-i 免密下载的密钥文件
批量下载可见：Aspera——利用SRR号批量高效下载FASTQ或SRA数据 - 知乎
md5验证
- 准备md5.txt文件，第一列是之前TSV表中fastq_md5，第二列是对应的文件名（空格隔开就行）。
md5.txt
- 用命令
md5sum -c md5.txt验证文件的完整性，OK就表示是数据下载成功了。
