米利都学派之后非常重要的两位哲学家是赫拉克利特和毕达哥拉斯。赫拉克利特是爱菲斯（又译为以弗所）学派的代表人物。他认为万物的本原是“火”。他留下来的著作残篇有130多条。赫拉克利特对于哲学的最重要的贡献是他站在运动的立场而不是站在静止的立场上来思考问题。同时，他在解释某一种自然现象或者社会现象的时候，会从相反的两个方面来看问题。正因为如此，人们认为他是朴素辩证法的创始人。
前一篇说过，从阿那克西美尼开始，希腊哲人的思考开始从自然对象转入社会对象，赫拉克利特就是如此。虽然他有些时候仍旧在考虑一些关于物质现象的问题，比如火与土，土与水，水与气之间的关系，也考虑一些与星象学有关的问题。比如他认为天是一个朝向我们的穹隆，上面有一些小窝，明亮的水蒸气聚集在这些小窝里面，发出亮光，这就是星辰。
它解释日蚀与月蚀的情况更为奇特，说，当这些小窝反转过来，开口朝上的时候，便发生了日蚀和月蚀。他又解释月亮的盈亏，说这是因为月亮这个小窝在逐渐翻转之中发生的我们看得到的盈亏变化。
这是一个明显有疑问的说法，既然有月蚀，有日蚀，说明两者都会翻转，而为什么太阳不会发生盈亏的现象，而只有月亮才有呢？在很多问题上，赫拉克利特并不屑于对别人做出解释。他说了，那就是他认为正确的话，别人怎么理解，一点都不关他的事情。所以第欧根尼说赫拉克利特是一个傲慢的人，比任何人都傲慢，目空一切。
除了对于辩证法的贡献之外，他最早使用了一个概念，就是“逻各斯”。这是一个对后来的哲学乃至物理学都产生了极大影响的语词。关于什么是逻各斯，很多人有着不同的看法，艾修斯说，逻各斯是一种以太的物体，是创生世界的种子，也是确定了的周期的尺度。马克思认为，赫拉克利特说的逻各斯就是自然规律本身。赫拉克利特自己说，这个逻各斯是不为大多数人理解的，他们在经验中找不到这个东西。然后，他用自己特有的晦涩的表达方式说，另外一些人则不知道他们醒时所作的事，就像忘记了自己睡梦中所作的事一样。
以太这个词也很有趣，后来它为物理学家所钟情。从十六世纪一直到十九世纪，科学家们都为一件事情所困扰，即光与电，包括声音，这些现象是靠什么作为媒介进行传播的？后来认为有一种存在于空间，或者空气中的物质，叫做以太，它便是传播媒质。不过这个时候说到的以太，和赫拉克利特说的逻各斯，已经是南辕北辙，很不相干了。
赫拉克利特留下了一些非常著名哲学警句，当然，你也可以把它看成是对于人，对于社会的一种训诫。比如，人不能两次踏进同一条河流。最美丽的猴子与人类比起来也是丑陋的。浅薄的人听了无论什么话都大惊小怪。太阳每天都是新的等等。这是他惯用的表达方式，很晦涩。他说，太阳有人的脚那么宽。这话是什么意思呢？我想，他不会真的认为太阳只有人的脚那么宽吧？
赫拉克利特的晦涩最终害死了他自己。他虽然是艾菲斯（以弗所）人，但是因为艾菲斯人将他的朋友赫尔谟多罗放逐了，因此他非常痛恨这个城市里的人，并对他们发出了恶毒的诅咒。最后他厌倦了和人的交往，自己隐居到山里以草根树皮度日。由于严重的营养不良，他得了水肿病。
即使在这个时候，傲慢的赫拉克利特也不肯表达出向人求助的姿态。他找到医生说，你们能不能使洪水干涸？他的意思是说，医生能不能治疗自己的水肿病。医生不懂他的话，他只有藏身于畜厩中，用牛粪的热力把自己身上的水弄干。当然这种方法一点作用都不会有。于是，伟大的赫拉克利特就这么死去，他只活了六十岁。
赫拉克利特还特别喜欢一个词，叫“爱智慧”。这个词是毕达哥拉斯创造的，它的意思就是——哲学。
