pindel：

需要文件：sort过的bam文件；.fa的参考文件；config.txt文件（主要是用于标准化bam文件）；bam.bai文件；.fa.fai文件将这些文件均放在一个目录A下

步骤：

①进入文件A，在目录A中输入命令：

./pindel -f xxx.fa -i xxxx_config.txt  -c [chromosome]  -o [outputfilename]

②则在A目录下会出现输出文件

GATK：

工作原理：

（一）GATK三大步骤：原始数据的处理——变异检测——初步分析

（二）前期准备：①软件：须安装picard，bwa，htslib

②需要文件：fastq文件

（三）原始数据处理：

①用bwa mem对fastq文件进行过滤比对——得到sam文件

②

java -jar /home/lsw/xijiaoda/GATK/GenomeAnalysisTK.jar -T CountReads -R exampleFASTA.fasta -I exampleBAM.bam