Metawrap是一款非常强大的宏基因组数据分析包，包括宏基因组数据分析所需的所有模块：序列质控、物种注释、组装、单菌基因组分箱分析、单菌提纯、单菌重组装、单菌定量、单菌分类和注释和单菌基因组可视化。

正因为其功能强大，其依赖的数据库和软件较多。数据库的版本、软件版本与metawrap本身的版本要相匹配，否则会出现错误。

metawrap 功能模块 （https://github.com/bxlab/metaWRAP ）

Classify 模块的报错

我在运行前几个模块都没有出错，但是到classify模块时开始出错

错误1

出错提示为“The file··· nt.00.nhd doesnt exist”

按照提示，我首先检查了config文件中的路径，是没有问题的；接着检查了数据库，里面的确不存在nt.00.nhd 文件。因此我又重新下载nt数据库（wget "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.*.tar.gz"），但是下载后的压缩包无法解压缩（可能是由于数据库太大，60-70g，下载不稳定）。

报错1

后面在网上搜索到一些快速稳定地下载数据库的方法，我先是使用aspera的方法（ascp -v -k 1 -T -l 400m -i /home/crusta/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/nt.00.tar.gz ./ ），但是一次只能下载一个分库，将00改成*就报错。后面在师姐的推荐下使用了rsync -av --progress rsync://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.*.tar.gz，能稳定的下载nt库并解压缩，解压后的文件确实跟原始的数据库不一样，但里面依然没有nt.00.nhd 文件，运行metawrap classify命令依然报错。

原本的库-每个分库里面包含3个文件

更新的库-每个分库里面包含6个文件

本来决定要放弃了，但是突然想起前两天GitHub上面一段note（https://github.com/bxlab/metaWRAP/blob/83e3fe342684119cb6a26a648a12d30d9196cf87/installation/database_installation.md?plain=1），提示如果blast版本超过2.6，需要下载nt库的v4版本（但前两天还没有解决稳定下载数据库的问题，并且我运行blastn -version 显示“blastn：2.6.0+，Package: blast 2.6.0, build···”，也不知道算不算超过，所以当时我忽略这个提示）。

下载nt数据库的代码

随后运行rsync -av --progress rsync://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/v4/nt_v4.*.tar.gz .下载nt库，解压缩后“for a in nt_v4.*.tar.gz; do tar xzf $a; done”，确实有nt.00.nhd文件

V4版本-一个分库里面有10个文件

看到有nt.00.nhd文件后，我确实大松一口气，终于可以运行这个模块了，更改了config文件中的路径，成功运行上了。

但四十分钟之后，出现了第二个错误

错误2

错误提示Failed to run taxator. Exiting····

错误2

又一顿查找，在GitHub上有该问题的解决方法（https://github.com/bxlab/metaWRAP/issues/287），需要替换两个文件

解决办法

替换之后，要注意添加两个文件的运行权限，否则会提示permission denied。

chmod +x /···/classify_bins.sh

chmod +x /···/prune_blast_hits.py

最后运行classify模块，成功得到bin_taxonomy.tab。

想说，碰到问题多看GitHub！后续有问题再继续更新

参考：

1.https://github.com/bxlab/metaWRAP

2.https://github.com/bxlab/metaWRAP/blob/83e3fe342684119cb6a26a648a12d30d9196cf87/installation/database_installation.md?plain=1

3.https://github.com/bxlab/metaWRAP/issues/287