目录
- 介绍
- 冠状病毒形态
- 分类
- 基因组
- 参考基因组序列
- 蛋白质三维结构
- 基因组流行病学分析
- 基因组变异及进化树
介绍
新型冠状病毒，是一类具有包膜、基因组为线性单股正链的RNA病毒，颗粒呈圆形或椭圆形，直径约60-140nm。
正链意味着病毒进入细胞后就可以直接指导蛋白质合成，而且通过RNA聚合酶生成负链来进行自我复制
此次武汉发现的冠状病毒是新发现的在人类中传播的病毒株系，被WHO命名为2019新型冠状病毒（2019-nCoV）。
其他与之同属于冠状病毒会感染人类并引起疾病，比如中东呼吸综合征（MERS）和严重急性呼吸综合征（SARS），其症状可从普通感冒到重症肺部感染。
冠状病毒形态
- 刺突糖蛋白（Spike，S）：组成病毒粒表面有球棒状的突出部分，属于I型跨膜蛋白。可以被S酶分解为S1和S2两个功能单位 。S1用来促进病毒结合到宿主细胞受体，与宿主受体互作区（RBD区）与受体结合。这个区域可以与ACE2蛋白结合，如果结合完成，那么新型冠状病毒就会感染人呼吸道上皮细胞，进而导致肺炎。
- 血凝素-酯酶蛋白（hemagglutinin-esterase，HE）：β冠状病毒属（新型冠状病毒）的结构，I型跨膜蛋白
- 膜糖蛋白（membrane glycoprotein，M）：通过三个跨膜结构域嵌入病毒包膜里
- 包膜蛋白（envelope，E）：跨膜蛋白
- 核衣壳（nucleocapsid，N） ：以串珠的形式结合到RNA基因组上，形成螺旋对称的核衣壳
分类
基因组
参考基因组序列
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NCBI
第一个上传的基因组数据
Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome
这一版本的基因组相对后面发布的基因组，有更加全面的信息，详细内容进https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947
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作者在上传基因组数据的声明，这个基因组的发布引起的学术纠纷不再赘述
http://virological.org/t/novel-2019-coronavirus-genome/319
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国家基因库
链接：https://db.cngb.org/search/assembly/CNA0007332/
mark比如基因组下载：ftp://ftp.cngb.org/pub/CNSA/CNP0000881/CNS0191792/CNA0007332/2019-nCoV_WH01.completeGenome.fa.gz
其他更新ID：CNA0007332 ，CNA0007333 ，CNA0007334 ，CNA0007335
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国家基因组科学数据中心
https://bigd.big.ac.cn/gwh/Assembly/947/show
mark其他更新ID：GWHABKF00000000 ，GWHABKG00000000 ，GWHABKH00000000 ，GWHABKI00000000 ，GWHABKJ00000000
蛋白质三维结构
1月26日，上海科技大学饶子和/杨海涛课题组测定的2019-nCoV冠状病毒3CL水解酶(Mpro)的高分率晶体结构
目前PDB（ ID: 6LU7 ）搜索不到，处于数据上传阶段，如有急需，联系 liux@nankai.edu.cn
基因组流行病学分析
基因组变异及进化树
最近，国家基因组中心更新了 2019nCoVR 专题，链接：https://bigd.big.ac.cn/ncov/
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基因组序列信息
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基因组变异分析
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进化树分析（来自NGDC）
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其他信息：
https://www.who.int/westernpacific/emergencies/novel-coronavirus
参考：
