思维导图
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Linux环境下的软件安装
1.3.1 生信学习【Linux环境下的软件安装】DAY3.png
正式笔记
0. 检查有无安装bzip2
- 腾讯云有自带该压缩软件。
- 以下适用于阿里云等未默认安装服务器。
yum install -y bzip2 #安装bzip2
1. 服务器中下载并安装Miniconda
下载
mkdir biosoft #创建目录用于安装软件
cd biosoft #进入目录
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装软件到服务器目录
- 输入目录时可以尝试使用tab键，在输入欲使用目录首字母后使用，会在当前路径下匹配最接近目录名。
- 在服务器控制台中找寻对应位等信息。
- 网站下载为sh后缀文件，它是一个下载脚本，即便安装失败，也可使用。
安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #用bash运行该脚本
- 之后一路enter，遇到啥yes 到底就ok了。最后再敲下Enter 回车。
source ~/.bashrc #激活Miniconda
- 可以通过直接命令行输入conda 来测试是否安装成功（不报错）。
2. 使用Miniconda
（1）查看软件列表
conda list
（2）搜索软件
conda search fastqc
#search 后面跟搜索的软件名 这里以数据质控软件fastqc 为例
（3）安装软件
conda install fastqc -y #y代表自动安装
conda install fastqc=0.11.7 -y #安装指定0.11.7版本软件
- 有的新版本有较多bug，需要下载指定稳定版本。
（4）卸载软件
conda remove fastqc -y
3. conda 环境
- 使用情景：由于不同的项目可能需要不同的软件版本 因此按照项目的不同 定制不同的环境 安装不同版本的软件 从而使彼此之前独立而不干扰
（1）查看当前conda 环境
conda info --envs #命令行输出结果中带*的环境即为默认环境
（2）创建新的conda 环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
#建立 rna-seq 环境
#指定 版本为3.0python 并安装fastqc 及trimmomatic
conda info --envs #检验是否多出环境
（3）激活新的conda 环境
conda active rna-seq #环境转移到rna-seq上
- 激活并更改到新conda 环境后，root前会带上新的环境名
- 可以通过输入新环境中独有软件名测试是否激活
- 直接输入软件而无对象不会使软件启动 仅仅显示帮助文档 eg. fastqc
（4）卸载conda 环境
conda remove -n rna-seq fastqc -y
#删除指定环境中软件
conda deactivate #需退出当前环境 卸载整个环境
conda remove -n rna-seq --all #卸载指定环境中所有文件
参考：
生信公众号 生信星球 教程
