单细胞简易分群-各种细胞marker基因

探序基因肿瘤研究院整理

免疫细胞:PRPTC     上皮细胞  epithelial cells:EPCAM

T细胞,T cell:

通用marker:CD3D,CD3E,

CD4+T细胞:CD4;CD8+T细胞:CD8A,CD8B;Treg:CD4,FOXP3

还有注意γδT细胞


B细胞,B cell:

CD79A,CD79B


中性粒细胞,Neutrophils

FCGR3B,CXCR2

http://www.360doc.com/content/21/0622/12/19913717_983164617.shtml


DC细胞:

cDC1(human:XCR1+ CLEC9A+ CD141+):交叉递呈抗原给CD8+T细胞,

cDC2(CD11b+ SIRPα+

CD1c+):激活CD4+ T 细胞和CD8+T细胞。

浆细胞样DC (plasmacytoid

DC,pDC)(CD123+ CLEC4C+.)

参考:

肿瘤浸润DC的表型和功能差异

人DC细胞marker


NK细胞:

CD56(NCAM1),CD16(FCGR3A)

人类NK细胞表面标志主要以CD16、CD56来认定。目前多以CD3-、CD16+、CD56+作为NK细胞典型标志。

FGFBP2, FCG3RA, CX3CR1(有些文献使用这些marker)


巨噬细胞 macrophage:

CD68/CD163等。M1和M2型不太好分,更多marker可以参照赛默飞网站写的说明。https://www.thermofisher.cn/cn/zh/home/life-science/cell-analysis/cell-analysis-learning-center/immunology-at-work/macrophage-cell-overview.html

星型胶质细胞,astrocytes:

AQP4, ADGRV1, GPC5,RYR3

小胶质细胞,microglia:

C3, LRMDA, DOCK8


内皮细胞 endothelial cells

VWF,FCN3,DNASE1L3,


肥大细胞 Mast cell:

TPSAB1 ,TPSB2,CPA3,KIT

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA4Njg0NjYwMw==&mid=401394412&idx=1&sn=3800049a0398da908f421f73c98c1809&scene=27


成纤维细胞,fibroblast

FGF7, MME, DCN,LUM, GSN,DCN,ACTA2,FAP,PDGFRA

肌成纤维: MMP11、POSTN、CTHRC1、COL1A1、ACTA2 和 COL3A1(参考:https://www.cn-healthcare.com/articlewm/20230822/content-1595535.html

Fibroblasts were identified by their

archetypal markers LUM, DCN, VIM, PDGFRA, and COL1A2 (参考:https://www.jianshu.com/p/5a1b1283b52e?utm_campaign=haruki)

项目文章 | 单细胞技术绘制结肠粘膜成纤维细胞图谱(参考:https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU5NjYzMzA4MA==&mid=2247534049&idx=1&sn=4bce0394aa9dcb0a0fe56b9d77a2cd37&chksm=fe5db176c92a3860b5987e49dfaf47981cdd49521aa529f31c33118f0c11fee6b626bd5e83f6&scene=27)

周细胞,pericyte :

RGS5,DCN, LUM ,

GSN ,FGF7,MME, ACTA2


HSC(hematopoietic stem cells):

黑色素肿瘤细胞:

Tumor cells were identified usingMLANA,

MITF,and DCT. Tumor cells were further divided into subgroups by expressionofPRAME and GEPgenes("Single-cell analysis reveals new

evolutionary complexity in uveal melanoma")

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