R包及其说明书(引自生信星球)
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tidyr包的功能
- 数据框的变形
- 处理数据框中的空值
- 根据一个表格衍生出其他表格
- 实现行或列的分割和合并
安装tidyr包
- 检查是否已安装此包:
library(tidyr)
- 下载与安装tidyr包:在菜单栏→tools→Global Options→Packages界面将镜像设置为国内镜像后,输入命令
install.packages("tidyr")
- 加载tidyr包:
library(tidyr)
使用tidyr包
- 合并列:
gather(数据框名,列1原名,列2原名,key = "合并后的列名",value = "此两列数值所对应的新列名")
- 展开列:
spread(数据框名, 列1标题, 列2标题)
- 删除某列有空白值的行:
drop_na(数据框名,列标题)
- 填充空值:
complete(数据框名,nesting(其他列名),fill=list(需要填充的列名="需要填充的内容"))
- 列出每列值所有可能的组合:
expand(数据框名,列名1,列名2,列名3)
练习:打开文件“ui.txt”,将“actin”、“IGF1”两列合并为“基因”,结果定义为“表达量”,合并列后填充空值为0,列出每列值所有可能的组合
代码为:
library(tidyr)
a<-read.csv('ui.txt')
View(a)
b<-gather(a,actin,IGF1,key = "基因",value = "表达量")
View(b)
complete(b,nesting(样品,基因),fill=list(表达量="0"))
c<-complete(b,nesting(样品,基因),fill=list(表达量="0"))
expand(c,样品,基因,表达量)
效果图为:
思维导图: