1510年，拉斐尔开始为教皇的署名室第二面墙壁画湿壁画《雅典学院》。
这副画一共画了57个人，画面正中心是柏拉图和亚里士多德。柏拉图手指天，亚里士多德手掌朝向地面，似乎暗指前者立足形而上，后者注重形而下。
画中其他人物也都在忙各自的事情，或是讨论，或是听别人辩论，亦有独自沉思着。除了明显的人物关系，画中还藏着一些玄机。
就像柏拉图和亚里士多德在讨论，他们身边围着很多弟子在认真聆听，并且柏拉图的导师苏格拉底也在一旁与众人辩论聊天那样，拉斐尔很看重师承关系。不仅在哲学界如此，在艺术界亦是如此。加之在当时常有画家以身边人物为模特绘入画中的做法，这副画里当然也就藏着拉斐尔的熟人。
1.柏拉图的样貌以达芬奇为摹本。
我们可以对比一下，画中的柏拉图和达芬奇还是有相似度的。学者罗斯金认为，
为柏拉图套上艺术家的脸庞，此举多少带有点讽刺意味，因为在《理想国》一书中，柏拉图痛斥艺术，将画家逐出他的理想国。不过将这位才气纵横的艺术家与欧洲最伟大的哲学家合而为一，或许与达芬奇的学问和成就有关，毕竟1509年时他已是全欧洲的传奇性人物。
拉斐尔与达芬奇没有过什么正面交锋，并且他确实也很崇拜达芬奇。
2.数学家欧几里得的样貌以布拉曼特为摹本。
布拉曼特是拉斐尔的导师，早在米开朗基罗接下西斯廷礼拜堂拱顶湿壁画案子的时候，拉斐尔就隔壁在布拉曼特的团队里跟进着另一个绘制案子。
米开朗基罗视布拉曼特为敌，因而也视拉斐尔为敌。说远了，说回拉斐尔。只有25岁的拉斐尔――布拉曼特的团队里最年轻的成员――算不上锋芒毕露但也是当时公认的天才了。
布拉曼特很器重拉斐尔，曾多次提携过他。即使在忙于督造新的大教堂，有数千名工人和石匠等着他指挥的时候，他也不忘帮助拉斐尔完成这面墙壁的绘制。因而拉斐尔也很尊敬他的导师，为了表达敬意，就把画中俯下身子，拿着圆规认真在石板上描画的欧几里得绘成了布拉曼特的样子。
3.拉斐尔把自己也放入了画中
拉斐尔并没有把自己放在突出位置，而是融入托勒密身边的众多弟子中。他谦逊和善，认真聆听老师的教诲。他在画中给自己留了一个位置，但那不是他在现实中想得到的位置。因为与画中相反，现实中的他享受被学徒们簇拥的感觉。
4.那个穿白袍子的人，是拉斐尔朋友
托勒密是拿着地球仪的那个，在他前面，手持天文仪的那个人，是波斯预言家琐罗亚斯德。而旁边那个正和托勒密和琐罗亚斯德交谈的人，就是索多玛（顺带一提，一般认为索多玛旁边就是拉斐尔自己）。
索多玛其实不是这个人的名字，而是他的外号，他原名是巴齐。索多玛的意思是鸡奸者，因为这个人身边总是会围绕许多脸上白净的男孩子，并且巴齐对这些男孩子的爱是超越礼俗的，所以人们都管他叫索多玛。（PS：有部电影叫《索多玛的120天》，我一直没敢看...）
在当时的罗马，鸡奸者是要被火刑处死的，但是巴齐不但不生气，反而乐衷于接受这个称呼，而且还波澜不惊地活着，所以这个人也是蛮有趣的。他和拉斐尔关系很好，他们还经常在一起工作。
5.这个沉思的人是以对手米开朗基罗为摹本的
1511年，这副画差不多画完了，就在这时，拉斐尔拿起画笔，在画面中下位置，迅速增加了一名人物――一个不参与任何讨论，独自沉思的赫拉克利特。
赫拉克利特大家熟悉，就是那个说“人不能两次踏入同一条河流”的人，他的一切皆流、一切皆变的哲学观体现了最早运动变化的辩证观点。
这个人独自倚着一块石阶，似乎对周围的嘈杂充耳不闻，罗斯金这样描述道:
《雅典学院》里到处可见这样的群体，孤家寡人的人物不多，而赫拉克利特正是少数人物之一，身边没有求知心切的弟子环绕。黑发蓄须的他，专注沉思，神情落寞，左手支着头，右手拿着笔在纸上漫不经心地乱涂，浑然不觉身边喧闹的哲学辩论。画中其他哲学家全是赤脚，身着宽松的袍服，只有他脚穿皮靴，上身是腰部系紧的衬衫，打扮相对来说现代许多。
这个人物是拉斐尔在揭幕式看了米开朗基罗绘制的西斯廷教堂拱顶之后加上的，我们不知道他出于一种什么样的心情。可能是称赞，称赞一个毫无湿壁画绘制经验的人把拱顶绘制地如此完美；抑或是不屑，因为拉斐尔并不欣赏米开朗基罗的行事风格。有一次独自一人的米开朗基罗和身边围绕着众多弟子的拉斐尔在路上相遇，米开朗基罗说：“你像极了流氓，身边围着一群同伙。”拉斐尔则回应道：“你独自一人，像极了刽子手。”
