【影像组学从0单排】如何处理shape长度大于3的图像

处理大量医学影像的时候,可能会夹杂一些非CT或者MRI的影像,从而导致批量的循环报错,比如在一堆CT中掺杂了一个重建图像:


重建

通过读取文件的header可以看到nii的shape是长度为5的数组:

print(nii_image.shape)
(512, 512, 8, 1, 3)

这是提示nii图像一共由8张重建图像组成,每张的shape是(512,512,1,3),其中的1是指图像的深度,3是指通道数。这里可以直接简单地去掉深度通道从而生成缩略图

if len(nii_image.shape)==5:
    slides = nii_image.shape[2]//2
    thumbnail = nii_image[:,:,slides,0,:]
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