查理应尼姆教授和斯特劳特医生的邀请，去参加一个学术讨论会。是以查理自己和阿尔吉侬为实验成果的学术讨论会。阿尔吉侬，是一只可爱的实验鼠，在查理还不够聪明的时候就认识他了。阿尔吉侬比自己更早一步的接受了脑科学手术，比他更早聪明，也是查理曾经视作的神明。
在参加学术会之前查理已逐渐地发现阿尔吉侬的状态开始异常。这只曾经灵巧无比的白鼠变得暴躁易怒，在迷宫中频频出错。查理的心陡然下沉，他预感到那不仅是阿尔吉侬的结局，更是他命运的预告。他疯狂地投入研究，在堆积如山的文献与复杂的计算中，他找到了尼姆教授实验理论模型的致命缺陷。他试图修正它，试图抓住那根能阻止自己坠落的稻草。在学术会议上，他带着自己的研究结果当众向尼姆发难，那不仅仅是对权威的挑战，更像是一场绝望的、针对自己命运的徒劳宣战。会场哗然，查理仍然得知并确信阿尔吉侬智慧陡升的代价，很可能就是神经的崩溃直至最终的消亡。一种异常的恐惧在查理的心中升起，这会不会也将是自己的结局？查理带着阿尔吉侬逃离了那里。
查理在市中心租了一间房子。他认识了一个新邻居费伊。费伊是一个画家喜欢喝酒，耶经常会带不同的男人来画室。费伊会突然的出现突然消失，她对查理和阿尔吉侬很感兴趣，觉得他们是自己的新玩具。费伊和艾丽斯非常不同，费伊自由奔放、无拘无束，性感并开放。费伊对查理的智力成就毫无兴趣，当查理试图谈论科学和哲学时，费伊甚至感到厌烦。当然查理也从未真正试图理解费伊的艺术或内心世界。费伊的生活方式混乱无序且又感性，可对于当时被理性思维和冰冷知识淹没的查理来说，是一种极具吸引力的解药。她代表了他暂时逃离自己过度发达甚至即将崩坏的智力的逃离。
与费伊的短暂相处中，让查理更加强烈的想念艾丽斯。查理与艾丽斯在一起时，要求深度的情感、责任感和智力上的共鸣，起初这让处于混乱中的查理感到压力。费伊不需要查理思考或理解只需要感受和行动。在费伊身边，查理可以暂时逃避对智力衰退的恐惧以及因看透人性而产生的痛苦。
