在接下来的系列文章里,我们会就百沐生物所做项目用到的技术做详细技术图解,首先,这里我们详细视图展示一下10x genomics 的单细胞RNA-seq建库原理。
10X genomics 单细胞转录组建库是指通过Poly(dT)与RNA 分子 3'端poly(A)尾巴互补配对以捕获RNA分子,我们称为3’端单细胞转录组测序。10x genomics 在免疫组库测序时,我们通常会同时建V(D)J文库和单细胞5’端文库,下一个推文会做免疫组库建库讲解。下面我们图示讲解10x genomics 3' 单细胞转录组测序。
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将准备好的单细胞悬液通过全自动的仪器Chromium Controller快速进行单细胞GEMs的生成,GEMs图解见下图。
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每个GEM未破裂,在GEMs内部进行反转录生成cDNA, 这样每个GEM里的反转录得到的cDNA都带有该细胞的细胞标签Barcode。
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GEMs 破裂,所有细胞的cDNA pooling在一起,PCR扩增cDNA 全长, 使扩增产物量达到建库要求。
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通过酶切的方式片段化扩增产物,片段筛选后加测序接头。
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3’端转录组文库结构图解。
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最后测序下机数据里我们用于后续分析的R1 file、R2file 和I1file这三个文件内容图解。