Linux的软件安装

软件管理工具Miniconda

Mimicanda

下载minicnda到服务器（使用清华的conda镜像网站）

查看服务器是多少位的：输入命令uname -a
cd b 按Tab可自动补齐 成cd ~/biosoft
wget 加链接 从指定URL下载软件
安装 bash 例如bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 注意后缀为sh
source ~/.bashrc 激活conda

conda的使用

conda list #查看当前服务器上安装的所有软件列表
安装软件可从https://anaconda.org 例如conda install fastqc -y(-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes)
输入fastqc --help 确认fastqc软件是否安装成功
卸载软件 conda remove fastqc -y

conda 环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

conda info --envs 查看当前conda有哪些环境(前面带*的就是默认的)

新建环境

比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
查看conda环境 conda info --envs
更换默认环境conda activate rna-seq （默认的*就会转移到新环境rna-seq前面）
激活新环境source ~/.bashrc

学习内容来自公众号：生信星球