inux如何安装软件？
思维导图1.png
一、了解conda--“linux的应用商店”
miniconda.png
二、下载miniconda
1.查看服务器位数
uname -a 得出是x86_64
1.png
2.进入biosoft目录，使用指令下载
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
下载.png
三、安装和配置
1.安装：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
按enter、选yes
2.激活：source ~/.bashrc
再输入conda，出现很多信息说明成功
激活.png
3.添加镜像
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
四、使用miniconda
1.查看已安装：conda list
conda list.png
2.安装软件：conda install fastqc -y
y代表yes 加版本号=0.11.7
安装.png
3.确认fastqc是否安装成功：fastqc --help
帮助文档，出现大片文字表示成功
帮助文件确认安装.png
4. 卸载：conda remove fastqc -y
卸载.png
五、conda环境
1.查看：conda info --envs
查看conda环境.png
2.建立：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
（名叫rnaseq的conda环境，指定python版本为3，安装软件fastqc、trimmomatic）
建立conda环境.png
变两个.png
3.激活：conda activate rna-seq
默认的*将转移到rna-seq前；用户名前面出现了(rna-seq)
激活新环境.png
输入fastqc，出现大片信息说明可以使用
试试.png
4.退出：conda deactivate
退出.png
