今天的新知识：linux环境下的软件安装

首先放上今天学习的思维导图

linux环境下的软件安装.png

1.了解conda

• 可以简单的理解，conda为生信界的App Store
• 有关其详细介绍，可见https://mp.weixin.qq.com/s/FBsY8hRjTS6ih2RvY47I6Q
• 日常中，生信使用小而精的Miniconda即可满足需求啦

2.下载conda（Miniconda）

• 1.下载地址https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
  选择最新的64位下载，右键复制下载链接
• 2.在linux环境下创建biosoft目录
• 3.输入命令行下载
  wget 复制的链接

windows系统中，复制粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴

• 下载界面如图：
  miniconda下载.png

3.安装和配制miniconda

• 安装
  bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  刚开始需要一直按enter来确认版权信息，根据界面提示，按enter或输入yes，最后安装成功如下图所示：
  安装成功.png
• 激活
  source ~/.bashrc
  再输入conda，出现满屏信息说明成功，如下图：
  激活成功.png
• 添加镜像
  粘贴如下代码，后回车

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

现在Miniconda就安装成功可以使用啦！

4.软件的安装与卸载（以fastqc为例）

• 1.查看服务器上安装的软件列表
  conda list
  查看已安装软件列表.png
• 2.安装软件
  conda install fastqc -y
  加的-y表示安装过程中conda问的问题全部回答yes
• 3.确认软件安装成功
  fastqc --help
  输入上述，若出现一大片文档，为软件的帮助文档，则代表安装成功，如下图：
  Fastqc安装成功.png
  
  软件已存在：
  软件列表1.png
• 4.卸载软件
  conda remove fastqc -y
  下载后重新加载软件列表，列表中已无fastqc软件，如下图：
  软件列表2.png

5.定制conda的分身

conda 环境：生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求,此时，需要按照项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

• 1.查看当前conda的环境
  conda info --envs
  如下图所示，只有一个默认的环境（带有*）
  conda默认环境.png
• 2.处理转录组数据的环境
  先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

• 3.查看新环境
  

  查看结果如图所示，多了一个新环境，默认环境还在：
  conda新环境.png
• 4.激活新环境
  conda activate rna-seq

此时默认的*就会转移到rna-seq前面；另外在用户名root前面出现(rna-seq)。

激活新环境.png

新环境下fastqc.png

• 5.退出当前环境
  conda deactivate
  则又回到默认环境，如图界面：
  
  退出当前环境.png

OK!今天学习到此结束，又是get新知识的一天！