前言：
如何使用软件？这还不简单？！
不要告诉我双击打开就好了！
不过这一篇的内容都消化的话，
是可以“读懂”一类型的生信文章的～
什么是fcGENE？
fcgene软件是一个支持SNP数据管理，质量控制和分析工作流程。
fcGENE的主要命令选项如下：
想了解更多，可以阅读原文fcGENE: A Versatile Tool for Processing and Transforming SNP Datasets。
安装过程看前一话～安装fcGENE软件
说人话！
这就是一个GWAS分析中可能使用到的工具，但是更多的功能，
请自己了解！！
阅读说明书和算法文章是王道！！！是生物信息学的修行！～～
但是，根据说人话的风格～
我还是会给小白说举个栗子🌰的！～
例如，如何使用BEAGLE工具转化成plink格式？
首先，我们看到文章的Table 1. Major command options of fcGENE.
使用BEAGLE工具转化成plink格式需要用到的指令是：
--bgl-gprobs (使用BEAGLE工具) 和 --oformat （转换格式）。
人话：是的，对于小白，我就算给你翻译成中文也看不懂的～
直接上操作～
首先打开Terminal （不要告诉我不知道这是什么.......）
接着cd到数据所在的目录（不要告诉我不知道这是什么.......）
然后，根据fcgene软件所在目录调动软件
然后就是运行常规的指令：
打上“--bgl-gprobs 文件名（拉入需要处理的软件“本例子为：plco_c1.chr1.gprobs.gz”）”
调动转换程序 --oformat plink（因为我们要转换成plink格式）
打上--out 给个名字呗～（一号染色体的数据，我叫chr1，自己随便改）
所以全代码如下：
自己的工作目录$ ~Downloads/fcgene-1.0.7/fcgene --bgl-gprobs plco_c1.chr1.gprobs.gz -- oformat plink --out chr1
没错，目录（一开始cd的那个地方）就会产生一个想要的文件了～～
不需要“高端操作的”，直接忽略分割线下面的内容～
什么是高端操作？
有没有留意上面的只是处理了一个染色体的数据？
然卵，人是有23对染色体的～～
聪明的人类，总不会1个1个做吧？
这是时候就使用写轮眼了！～
没错！是 写轮眼！（大家支持的话，是有专题的哦！～）
就是利用for循环，执行相同的操作啦！～（黑体部分）
例如，对第8到第11个执行这个操作。
for i in {8..11};do XXX; done
自己的工作目录$ for i in {8..11};do ~Downloads/fcgene-1.0.7/fcgene --bgl-gprobs plco_c1.chr$i.gprobs.gz -- oformat plink --out chr$i; done
注意：有数字的地方都要改成i
有人问，为什么要分开？不直接1到23？
首先这涉及两个问题：
1.你的数据争不争气 —— 有些下载的数据，不放在一起，有些缺失，有些命名不一致！；
2.你的电脑争不争气 —— 你的电脑跑不跑得动啊！～超级计算机的话（什么云什么一号的可能可以）。
