會用到的各種網址

慢慢添加中,用到一個寫一個

下載數據:

GEO Home - GEO - NCBI

TCGA UCSC Xena


畫圖:

配色

偷偷惊艳一众导师的科研配色‼️闭眼抄系列

科研绘图配色入门 - 知乎


分析:

DVAID數據庫 GO或KEGG分析 DAVID Functional Annotation Bioinformatics Microarray Analysis

STRING 蛋白互作網絡 STRING: functional protein association networks

genecards 尋找相關基因 Account - GeneCards Suite (不知道為什麼Firefox好像登入不了,Chrome可以)


教程:

DVAID數據庫

DAVID数据库简介及使用说明 - 简书


Upset plot

【R语言】——UpSetR包绘制集合图(保姆级教程)-CSDN博客


lasso 建模

生信星球 用lasso回归构建生存模型+ROC曲线绘制

生信补给站 RNAseq|Lasso构建预后模型,绘制风险评分的KM 和 ROC曲线

lasso 回归(包含弹性网格)

珠江肿瘤 正则化(4):glmnet包实现正则化

SCIPainter 如何进行数据切割并使用ROC评估lasso建模好坏?


免疫微環境

免疫疫微环境(TIME) - 组学大讲堂问答社区


stepwise建模

SCIPainter 如何构建最优多因素cox回归模型?


相關性(皮尔逊、Spearman、肯德尔)

散點圖 生信摆渡 相关性分析 | R语言 -- 两个变量的相关性分析

熱圖 基迪奧生物 6种相关性热图的绘制方法

Paper绘图 R语言corrplot的相关性热图,到底有多美!


GO、KEGG、GSEA

蜡笔生信菌 R语言一站式解决GO+KEGG+GSEA联合分析(内附示例脚本)


諾莫圖/列線圖(Nomogram)

SCIPainter 如何进行多因素cox回归分析及可视化?


一致性聚類分析

医学和生信笔记 免疫浸润结果分子分型(一致性聚类ConsensusClusterPlus)


PCA 主成分分析

PCA 主成分分析 R语言实现 - 知乎



常用資料:

TCGA 癌症簡稱對照 TCGA / 癌症简称 / 缩写 / TCGA癌症中英文对照 - 简书

信號通路 信号通路专题:信号通路扫盲贴,看别人如何利信号通路发Nature - 知乎

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容