慢慢添加中,用到一個寫一個
下載數據:
TCGA UCSC Xena
畫圖:
配色
分析:
DVAID數據庫 GO或KEGG分析 DAVID Functional Annotation Bioinformatics Microarray Analysis
STRING 蛋白互作網絡 STRING: functional protein association networks
genecards 尋找相關基因 Account - GeneCards Suite (不知道為什麼Firefox好像登入不了,Chrome可以)
教程:
DVAID數據庫
Upset plot
【R语言】——UpSetR包绘制集合图(保姆级教程)-CSDN博客
lasso 建模
生信补给站 RNAseq|Lasso构建预后模型,绘制风险评分的KM 和 ROC曲线
SCIPainter 如何进行数据切割并使用ROC评估lasso建模好坏?
免疫微環境
stepwise建模
相關性(皮尔逊、Spearman、肯德尔)
散點圖 生信摆渡 相关性分析 | R语言 -- 两个变量的相关性分析
Paper绘图 R语言corrplot的相关性热图,到底有多美!
GO、KEGG、GSEA
蜡笔生信菌 R语言一站式解决GO+KEGG+GSEA联合分析(内附示例脚本)
諾莫圖/列線圖(Nomogram)
SCIPainter 如何进行多因素cox回归分析及可视化?
一致性聚類分析
医学和生信笔记 免疫浸润结果分子分型(一致性聚类ConsensusClusterPlus)
PCA 主成分分析
常用資料:
TCGA 癌症簡稱對照 TCGA / 癌症简称 / 缩写 / TCGA癌症中英文对照 - 简书