对公司章程而言，不仅发挥与国家公司法或相关行政法规目标一致的作用，而且还发挥着公司法或相关行政法规不可替代的作用。
1、落实公司法关于公司组织、公司行为准则或其他法律事项的基本要求。
毋庸质疑，公司属于商法人，是市场经济活动中最重要的一类主体。然而现实中，几乎每个公司都有自己的特殊性，对公司具体的组织或行为规范，公司法除了原则性的基本要求规定外，不可能对具体公司的组织和行为作出规定，而只能通过具体公司的公司章程来规定，即必须通过《公司章程》来落实公司法相关规定之内容。
2、弥补公司法规定之不足，实现具体公司制度的创新要求。
关于公司章程，公司法除了要求基本的强制性条款内容外，还赋予其大量的任意性条款规定内容。也就是说，凡是公司法或其他法律法规没有作出具体规定或没有作出禁止性规定的内容，公司章程都可以进行规定，如关于公司治理结构中关于公司内部管理机构设置、董事长和副董事长产生办法、董事任期、董事会或监事会的议事方式和表决程序、总经理的职权、股东的表决权等事项规定，关于公司的股权结构安排、股权转让、从业经营等事项规定。公司章程中对此方面内容之具体规定，不仅弥补了公司法规定之不足，而且能够实现公司制度之创新要求，为现代化企业制度的建立创设纲要。
3、能够平衡与公司相关的各方主体利益，实现公司内部和谐与外部和谐的统一。
公司作为市场经济条件下的存在物，其存在必然涉及公司股东、管理者和员工、公司债权人、国家和社会公众等各方群体的利益。尽管公司章程是由公司股东或设立者制定的，其所反映的主要是公司股东的意志，体现公司经营为公司股东谋取收益的现实需求，但正如国家法制相对于国家治理一样，公司章程内容必须平衡公司股东、管理者和员工、公司债权人、国家(指公司必须合法经营、接受政府监管)和社会公众(指公司必须维护消费者利益，承担保护环境、安置就业等社会责任)等各方群体的利益，实现公司内部和谐与外部和谐的统一。对违反国家法律或行政法规之强制规定的公司章程内容，法律自然不会准许或保护。
通过章程自治实现公司自治，这也是新公司法对于公司章程功能和作用的定位。具体地说，公司章程的功能和作用主要表现在：
1、鼓励投资，提高效率，降低公司设立的门槛。
公司的设立条件影响到市场准入，尤其是苛刻的公司资本制度等强制性要求，将极为打击广大投资者的投资热情，限制了市场主体的数量，对市场机构和经济发展不利，最终将影响公司法“促进社会主义市场经济发展”之立法目的的实现。基于此，除降低股份有效公司和有限责任公司注册资本最低限额外，在施行注册资本分期缴纳时，公司法允许用公司章程规定出资时间;在有限公司，可以用章程规定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资，可以用章程规定股东不按照出资比例行使表决权;这些都是鼓励投资和公司自治、提高市场效率、促进公司法立法目标实现的有效制度设计。
2、提升公司治理水平，鼓励管理创新。
公司的创新不仅体现在产品的创新上，更体现在公司管理体制层面的创新上。公司章程在公司治理中具有十分重要的制度架构能力。在以往的公司运作实践中，公司章程往往成为形式化的公司文件，其内容千篇一律，导致公司内部的制度结构“千人一面”，没有发挥章程应有的功能。在公司的治理结构层面，新公司法允许通过公司章程进行公司自己的治理结构安排：可以由公司章程规定由董事长、执行董事还是经理担任法定代表人;对于股东会、董事会的议决程序，除法律有规定的以外，可以由章程规定;经理人的权限可以由章程来规定;有限责任公司可以用章程规定不按照出资比例行使表决权;公司可以用章程规定不按照出资比例分红，等等。
3、保护公司、股东和债权人的合法权益，寻求利益主体权利冲突的平衡点。
公司章程的此项功能是公司法的立法目的之一，也与公司法的性质认定密切相关。诚然，公司法渗透着国家强制和国家干预的因子，其中有强制性规范或禁止性规范，也强调商人对公司法的强制性规范和禁止性规范的遵守，违反这些规范时要承担相应的法律后果，但是，无论公司法的强制性规范或禁止性规范有多少，公司法的首要性质仍然是其私法性而非公法性，私法性是公司法的本质特性，公法性只是公司法的非本质特性，强调公司法的公法性只是为了确保公司法的私法性的`实现，而不是取代公司法的私法性。因此，公司法的私法性质决定其要以保护公司、股东和债权人的合法权益为己任。但是，公司法对上述利益主体的保护性规定过于原则，因此对股东等主体的合法权益的保护需要公司章程加以具体化，需要公司章程提供权益受侵害时的救济方式。也就是说，公司法在自身贯彻该理念时，也把这一任务赋予了公司章程，使两者共同承载了这一使命。
为实现公司章程的功能，新公司法通过两个途径为之，即以明确和隐含的方式肯定了章程的自治。一方面，弱化和取消了许多强制性的规定，代之以赋权性或者倡导性规范。另一方面，明确赋予了公司章程更多的自主权。为鼓励公司自治，在公司章程和股东协议不违反公司法中的强制条款之前提下，法律允许公司及其股东对公司章程作出个性化设计，自由规范公司内部关系。因此，在一定意义上，公司章程功能的真正实现即预示着公司自治时代的开启。
综上，公司章程的价值在于其内容具体、针对性强、操作性强。如果只是简单照抄照搬公司法的规定，公司章程就失去了应有的价值和存在的必要性。
