修改环境变量
终端输入：
vim ~/.bashrc # 进入进行编辑 然后删除了一个环境变量（自己也忘了是啥 不重要） 添加了以下的环境变量
source .bashrc # 运行生效
# NVIDIA CUDA Toolkit 10.1
export CUDA_HOME=/home/applic/cuda-10.1
export PATH=$PATH:$CUDA_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$CUDA_HOME/lib64
# Schrodinger 2021-2
export SCHRODINGER=/home/applic/schrodinger2021-2
export PATH=$PATH:$SCHRODINGER:$SCHRODINGER/utilities
alias mae='maestro -SGL'
# AutoDock 4.2.6
export PATH=$PATH:/home/applic/autodock-4.2.6/bin
# AutoDockTools 1.5.6
alias adt='/home/applic/MGLTools-1.5.6/bin/adt'
# ClustalX 2.1
alias clustalx='/home/applic/clustalx-2.1-linux-i686-libcppstatic/clustalx'
# Chimera 1.14
alias chimera='/home/applic/chimera-1.14/bin/chimera'
# Gaussian 09
export g09root=/home/applic
export GAUSS_EXEDIR=$g09root/g09
export GAUSS_BSDDIR=$g09root/g09/bsd
export GAUSS_SCRDIR=~/scratch
export PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR:$GAUSS_BSDDIR
if [ ! -d $GAUSS_SCRDIR ]; then rm -rf $GAUSS_SCRDIR; mkdir $GAUSS_SCRDIR; fi
# GaussView 6
alias gv='/home/applic/gv6/gv'
# PyMOL 2.4.0
alias pymol='/home/applic/pymol-2.4.0/bin/pymol'
# TurboVNC 2.2.6
export PATH=$PATH:/opt/TurboVNC/bin
export LD_LIBRARY_PATH="/home/xli/miniconda3/envs/few-shot-py37/lib"
这样之后可以使用nvcc --version终端命令行
服务器环境pytorch环境配置（利用 lx代码 尝试）
- pytorch环境配置
【精选】远程服务器配置 Anaconda 并安装 PyTorch 详细教程_anaconda连接远程服务器_friedrichor的博客-CSDN博客
终端输入：
conda create -n pytorch python=3.9
之后就按照上述csdn进行终端操作 使用实验室服务器ssh node24然后nvidia-smi显示cuda版本是11.7 选择用conda安装的一串shell指令(貌似因为之后都是pip安装的 应该选择pip安装 具体也不清楚)
conda install pytorch==2.0.1 torchvision==0.15.2 torchaudio==2.0.2 pytorch-cuda=11.7 -c pytorch -c nvidia 自己当时大抵是类似上面帖子选择conda安装而且是选择了看到的第一个11.7的命令
- 安装相应包（这个感叹号是在colab上运行加的 自己在终端使用删去感叹号 然后自己或许选择python3.7环境可能不会出现warning）
!pip install dgl-cu117 -f https://data.dgl.ai/wheels/repo.html
!pip install dgllife
!pip install rdkit
!pip install deepchem
!pip install ipython-autotime # 显示每个单元格执行所需的时间 自己没装
!pip install gputil
!pip install psutil # 装这个的时候不小心打错装了个tsutil 不过没影响最后跑出结果
!pip install humanize
!pip install chembl_structure_pipeline
- 关于运行代码（利用py3.9版本运行 后面运行matching代码时候遇到了warning 或许是py版本或者是torch版本问题 修改迭代次数为10次 也是成功跑出来结果）（按照 lx要求 创建好一个个文件夹、在服务器账号上传好所需文件 然后运行终端指令）
如下图：创建test文件夹 创建好一个个的文件夹（data、matchingnets、results 再在results文件夹中创建一个文件夹matchingnets） 然后 上传好对应的文件（两个py文件、一个csv文件） 之后运行下面的代码（matching_nets.py最好nohup运行）
vscode上传界面
python create_datasets.py -d p450_1851
python matching_nets.py -d p450_1851 # 后面的-d是指定文件 由argparse这个python包实现
# 一般服务器运行python文件命令
python 文件名.py
nohup python -u matching_nets.py -d p450_1851 >> nohup.out 2>&1 & #不间断运行python文件
nohup python -u test.py >> nohup.out 2>&1 & # 后台运行一般命令 所有输出内容会写入到nohup.out中
nohup python -u test.py > nohup.out & # 这两种都可以
# 注：选择合适的节点运行你的python文件或其他程序
top # 显示节点的所有进程
ps # 查看进程id 比如说进程id是56125 下面是终止进程
tail -f nohup.out # 查看
kill -9 56125
- vscode远程连接好处
在vscode中远程连接 vscode偶尔抽风一会是英文一会是中文界面
这个显示问题很好用（大多时候显示一些没有安装库的问题 然后偶尔抽风分明安装了库 但是还是问题显示在那 此时需要重新刷新重新登入服务区）
问题界面
