单细胞marker基因可视化的补充---密度图与等高线图

单细胞系列已经说了很多关于基因可视化的方法了。

单细胞基因可视化之小提琴图

单细胞基因个性化作图之气泡图

单细胞基因可视化之热图改造修饰1

单细胞基因可视化之热图的根本改造2

单细胞基因可视化之UMAP图修饰

这里对于可视化进行一点补充。

1、密度图

Nebulosa是一个基于核密度估计的R软件包，用于可视化单个细胞的数据。做密度图可视化的一个重要的作用是，可以筛选鉴定某些基因双阳的细胞群。可以看到，我们能够看到CD4阳性的细胞、CD8阳性的细胞，还能显示双阳的细胞在哪，可以说是对seurat的一个拓展，还是比较实用的。

#安装包
BiocManager::install("Nebulosa")
#加载R包
library(Nebulosa)

plot_density(immune, "CD4")
plot_density(scedata, c("CD4","CD8A"),joint = TRUE)

图片

2、等高线图

这个图本身并没有啥太大的意义，完全是之前有人问我见到文章中有这个图如何做，只需要加等高线即可。

color <- c('lightgrey', 'blue','seagreen2')
FeaturePlot(scedata, features = "LUM", cols = color,
            pt.size = 1.5)+
  stat_density_2d(mapping=aes(x=UMAP_1, y=UMAP_2),
                  linemitre = 20)

图片

至此，我觉得对于单细胞基因可视化的方式已经是很全面了，按照自己的风格和需要进行作图，应该是很完美了。