分组箱型图的绘制

感谢大师兄的帮助！
首先我们看一下输入的数据结构：

分为5组，4种类型

接着我们对输入数据进行处理：

###加载R包
library(tidyr)
library(dplyr)  
###数据转换
df <- a %>% pivot_longer(-group,names_to = "SV_type",values_to = "Count")

转换后的数据格式：

数据分为三组

画图代码：

library(ggplot2)
####可以先画一组
e <- ggplot(df, aes(x = group, y = Count))
e + geom_boxplot()
####添加分类变量
e2 <- e + geom_boxplot(
  aes(fill = SV_type),
  position = position_dodge(0.9) 
) +
  scale_fill_manual(values = c("#7700FF", "#33ff00","#00AFBB", "#E7B800"))
e2+  theme_bw()+ theme_bw() +
  theme(panel.grid=element_blank())
e2  

最后的结果图

###t添加组间多重比较
compaired <- list(c("Aus", "GJ"),
               
                  c("Aus","rufipogon"),
               
                  c("Bas","GJ"),
              
               
                  c("rufipogon","GJ"),
                  c("XI","GJ"), 
                  c("XI","rufipogon"))

e2+theme_bw() +
  theme(panel.grid=element_blank())+
  geom_signif(comparisons = compaired,
              step_increase = 0.3,
              map_signif_level = T, #修改参数map_signif_level=TRUE
              test = wilcox.test)

添加显著性后