插件 | 人人-点点点-光速下载 NCBI/ENA NGS原始数据

今天有趣,看到两个微信群讨论到 Mol Plant 网站上 TBtools 的文稿是Most Read,亦即期刊主页上去看 TBtools 文稿的人相对较多。


基于期刊网站数据,TBtools 正式文稿发表后,目前被引 28 次。

不过事实上,TBtools 2020年元旦至今引用应是超过 500【已然实现了之前的Typo,那会计算错了,以为日均2个Citations,不过现在已经是事实】。平均到 8 个月,那么每个月也要有 60+ 个引用。换句说,保守起见,TBtools 正式文稿发表至今,多少也要有 100+ 个引用才正常。

然而,现在两个月只有 28 个,说明,其实很多人依旧不知道 TBtools 已经发表了。我尝试在 google scholar 检索,确实检索不到 MP 文稿。不时还是有人会在 用户交流群 或者是 公众号 上问题引用文件。于是,这里继续放出一个链接,希望大家如果使用 TBtools 并方便引用时, 直接引用 MP 文稿,跳转以下链接即可:

https://www.cell.com/molecular-plant/fulltext/S1674-2052(20)30187-8

回到主题。

写在前面

最近学位论文七七八八,于是我也可以拿出撰写过程中产生的一些想法,逐一验证(换句话说,先保证毕业,新的想法看情况再说)。既然要验证,就需要分析一些数据 更或者说 下载一些公开可获取的测序数据。要快速下载这些数据,其实比较麻烦:

  1. Aspera 是最优选择
  2. 在审计服务器下的主机用不了,意味着 SCAU 校园机房的服务器用不了,所以只能本地下
  3. 本地最好是用 Linux,那么要配置环境,Sad!
  4. 本地 Windows 或者 Mac 也可以,但是一样,环境又得搞,麻烦
  5. 最后,还要输入命令!....麻烦啊

知道我的人都很清楚,我是一个正经的懒人。于是我决定必须打包起来,这样所以 TBtools 用户,包括我,就可以光速下载测序数据,而不用浪费时间去折腾。
于是,Ascp GUI Wrapper - 插件小九?就产生了。

获取与安装插件

首先,这个插件只支持 Windows 和 MacOS 用户(因为 TBtools 的Linux 操作平台用户不超过 10 个,所以我是不会管他们的)。获取插件的方式很简单,直接加到任一 TBtools 用户交流群(最新QQ群号:1009773095) ,在群共享下载即可。
Ascp GUI Wrapper 是一个 Wrapper,所以是一个打包插件,文件格式为 .zip。


安装插件时,打开 TBtools,点击插件安装菜单,


随后,拖拽放置 .zip 文件



点击打开,即可安装完成


使用插件

打开 TBtools,并跳转到插件菜单


即可看到界面


image.png

按 Note 中的链接要求准备链接,存储在文件中,或者直接 黏贴进去。设置输出目录,点击 Start,然后等着就是了。
如果你想知道进度,那么 About 菜单下,找到 Debug Log,打开看看就是了。

恩,一切过分简单

如何获得链接

最好的获得方式,其实还是 TBtools。具体请参考两篇推文:
挖掘SRA的辅助小工具(NCBI高通量测序数据收录库)
https://mp.weixin.qq.com/s/amsG4dEYwXU-DyRVvI9d7A
以及
公开可获取~没有下载不到的测序原始数据!
https://mp.weixin.qq.com/s/CS04e0QRjq0B-NZUfCpUAg
现在这两个功能,都已经优化,自动输出 Aspera 的链接。当然了,你得更新 TBtools 到目前最新版 v1.0532 或者更新的版本。

写在最后

人是懒人~ 但还是要做点省时省事的。
大伙用了 TBtools,忘了或者不方便引用没关系,记得多推广,越多人用的工具,只会变得越稳健,已经功能丰富和强大。
但如果你方便在论文中引用,请还是引用 Mol Plant 文稿,点击阅读文本,跳转期刊文稿页面(似乎...变成开放获取的,印象我们没选开放获取....)
总之,祝大伙科研顺利了。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 214,922评论 6 497
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 91,591评论 3 389
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 160,546评论 0 350
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 57,467评论 1 288
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 66,553评论 6 386
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 50,580评论 1 293
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 39,588评论 3 414
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 38,334评论 0 270
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 44,780评论 1 307
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 37,092评论 2 330
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 39,270评论 1 344
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 34,925评论 5 338
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 40,573评论 3 322
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 31,194评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,437评论 1 268
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 47,154评论 2 366
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 44,127评论 2 352