1856年 选好要研究的7个可区分的豌豆性状，也以此为基础挑选了适合用来研究的22个豌豆品种
正式的杂交实验万事俱备。
1855年6月，孟德尔再次提交了参加教师资格考试的申请。
然而，遗憾的是，此次申请考试，并未能通过。自此，孟德尔再未申请并参加教师资格的考试。
实科中学的校和和学生对孟德尔的工作都很满意，孟德尔在实科中学工作了12年，一边教学一边做实验。
1856年的豌豆开花前的那段时光，孟德尔最是忙碌。豌豆是严格的自花授粉植物，它的花柱和花药被龙骨瓣紧紧包围，一旦等到花开的时候，其中的卵细胞和花粉早已成熟并且已经完成了自花授粉。如果要对豌豆进行人工授粉，需要将还末成熟的花蕾打开，小心地去掉其中的雄蕊防止自花受精的发生，然后将外来的花粉涂抹到它的花柱上，孟德尔就是这样进行豌豆杂交实验的。
孟德尔用10年的时间，关于豌豆杂交，孟德尔还需要做的就是证明他在前面两个系列实验的过程中形成的一个假设：花粉细胞和卵细胞的内在遗传属性和多样性是相同的。为了证明这一点，他设计了相互回交实验：即在一个实验里让杂交第一代接受某个新本的花粉，在另一个实验里让这个亲本接受杂交第一代的花粉。这个实验在1863年就完成了，所得到的结果正如孟德尔所假设的那样，这两种回交方式所得到的后代没有差别，证明了他提出的假设。
至此，孟德尔对豌豆的7个性状的杂交研究也就全部结束了。
这10年内，孟德尔的父母也相继离开了他。
1862-1864年间进行了一个系列的实验，主要使用物种是菜豆属的植物。比如用四季豆和倭小豆作为两个亲本的杂交。倭小豆具有矮茎以及绿色的、饱满的豆荚，而四季豆则具有高茎和黄色的、皱缩的豆荚。对这三雄起不同属于状的研究表明，菜豆属的植物在杂交种中的表现与豌豆完全相同。
孟德尔对菜豆中的三个不同性状（茎的高矮、豆荚颜色、豆荚形状）的研究也完全确认了他在豌豆中的发现，既包括基因的分离，也包括基因的自由组合。
