案例一：野生和繁殖鸟类泄殖腔病毒群揭示了病毒的多样性
野生鸟类可能携带和传播对人类、家养动物和其他野生动物具有潜在致病性的病毒。本研究采用病毒宏基因组方法，对3182只鸟类(其中大部分为野生鸟类)泄殖腔拭子标本进行病毒组研究，其中包括鸟类纲10个不同目87种。野生鸟类的病毒多样性高于繁殖鸟类。我们从18个已知的科和4个未分类病毒群中获得了707个病毒基因组。在GenBank中，265个病毒基因组的蛋白质序列一致性小于60%，它们的最佳匹配包括新的病毒科、属或种。不同鸟类中存在含有保守RdRp结构域的RNA病毒，与现有的已知病毒科没有系统进化亲缘关系。星形病毒、小核糖核酸病毒、冠状病毒、杯状病毒、细小病毒、圆环病毒、逆转录病毒和腺病毒科(包括已知的禽类病原体)的基因组已完全确定。在野生鸟类中观察到病毒可能的跨物种传播，其> 95%的氨基酸序列与以前在家禽中报告的病毒相同。基因组重组观察到一些基因组显示不一致的系统发育基于结构和非结构区域。对707个基因组分别绘制下一代测序(NGS)数据显示，这些病毒在不同栖息地(繁殖或野生)、目和采样地点的鸟类中分布模式存在差异，但在不同行为特征(迁徙和留鸟)的鸟类中没有显著差异。
案例二：中国野味动物的病毒群特征揭示了一系列新出现的病原体
狩猎动物是可交易和食用的野生动物物种，是SARS-CoV和SARS-CoV-2的潜在宿主。该研究对来自中国20个省份18个物种共1941只哺乳动物的呼吸道和粪便样本进行了行宏转录组测序分析。研究鉴定了13个病毒科中的102种哺乳动物感染病毒，其中65种为首次描述。21种病毒被认为对人类和家畜具有潜在的高风险。果子狸(Paguma larvata)携带的潜在高危病毒最多。该研究还推断蝙蝠相关的冠状病毒从蝙蝠传播到果子狸，以及冠状病毒从蝙蝠到刺猬、从鸟类到豪猪、从狗到浣熊的跨物种跳跃。值得注意的是，研究人员在果子狸和亚洲獾中发现了H9N2禽流感病毒，后者表现出呼吸道症状，以及可能的人-野生动物病毒传播病例。这些数据突出了野生动物作为疾病出现的潜在驱动因素的重要性。
案例三：蝙蝠的人畜共患病和病毒多样性
人兽共患病毒性疾病的出现通常反映了与哺乳动物野生动物的接触。蝙蝠(翼手目)可以说是最重要的哺乳动物宿主的人畜共患病毒。在此，本文概述了目前关于蝙蝠病毒多样性的知识，特别是通过病毒宏基因组测序的镜头和疾病出现的背景下。一个关键的结论是，尽管蝙蝠拥有丰富的病毒多样性，但绝大多数蝙蝠病毒还没有出现在新的宿主中导致疾病，因此蝙蝠被更好地视为全球生态系统中关键但濒危的组成部分。研究的广泛结论是，蝙蝠可能特别容易携带通常与人畜共患病相关的病毒家族。在NCBI/GenBank上16,600多条蝙蝠相关病毒序列中，85%为RNA病毒，其中30%和24%分别来自冠状病毒科和弹状病毒科，而10%的蝙蝠相关病毒序列来自副粘病毒科。另外，研究还发现蝙蝠携带的病毒在不同的蝙蝠科也有显著差异。分布广泛且种类丰富（如蝙蝠科、菊头蝠科、狐蝠科、叶口蝠科、蹄蝠科），并且比物种较少的科（如兔唇蝠科、长腿蝠科、吸盘蝠科、蜂翼蝠科）拥有更丰富的病毒多样性。
参考文献
[1] Shan T, Yang S, Wang H, et al. Virome in the cloaca of wild and breeding birds revealed a diversity of significant viruses[J]. Microbiome, 2022, 10(1): 1-21.
[2] He W T, Hou X, Zhao J, et al. Virome characterization of game animals in China reveals a spectrum of emerging pathogens[J]. Cell, 2022, 185(7): 1117-1129. e8.
[3] Holmes E C. Zoonotic disease and virome diversity in bats Kate Van Brussel and Edward C Holmes[J]. Current Opinion in Virology, 2022, 52: 1-11.
