PAGA图学习 单细胞分析

参考文献

TGF-β signaling redirects Sox11 gene regulatory activity to promote partial EMT and collective invasion of oncogenically transformed intestinal organoids | Oncogenesis

图片位置

Figure 1 E


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作者做法

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作者采用scvelo python工具包对单细胞数据进行velocity分析，推断pseudotime，随后采用该包内置的PAGA分析，探究了各个亚群之间的分化轨迹

小技巧

note：scanpy分析工具中sc.tl.paga 也可以进行PAGA分析，但该分析并没有方向性（即该文中的箭头），如想绘制相似的图，可结合omicverse包+scvelo包进行分析。

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