ARGs-OAP是由香港大学尹晓乐开发的基于SARG2.0的,对环境和样本中的antibiotic resistance gene进行检测和量化的工具。
SARG2.0 将抗生素抗性基因的划分分为了三个层次:1type: 24个大类。2subtype:1244个。3Gene:12085个。ARGsOAP使用预先建立好的hmm的ARG模型,进行ARG基因预测。
输出了三种不同的标准化方法: 1 基于总reads计算的的PPM、2基于16SrRNA、3基于单copy基因计算的cell number
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