在对大类注释好的数据集进行亚群提取后,往往需要重新对子集进行聚类分群,但在使用下述代码对新子集进行不同粒度分群走向时绘图会混入meta.data
中原始大类数据集的粒度分群走向信息。
sce <- FindClusters(
object = sce,
resolution = c(seq(.2,1,.2)) #起始粒度,结束粒度,间隔
)
clustree(sce@meta.data, prefix = "SCT_snn_res.")
因此在运行前,需清除不同Resolution分群走向的历史信息,并重新运行上述代码。
以下为清除历史信息代码:
sce@meta.data=sce@meta.data[,!(grepl("^SCT_snn_res.",colnames(sce@meta.data)))]
注意:这里我是用的SCT标准化,如果为传统方法标准化需更改SCT_snn_res.
为RNA_snn_res.
问题交流:
Email: xuran@hrbmu.edu.cn