卢芳与闵堪派遣使者到洛阳请求归降，刘秀封卢芳为代王，闵堪为代相，赏赐缯帛二万匹；并授权给他们，让他们与匈奴搞好关系。卢芳上疏谢恩，并诉说自己向往朝廷、盼望早点觐见皇上；刘秀诏准卢芳明年正月进京朝觐。
起初，匈奴听闻汉朝悬赏捉拿卢芳，因为贪得汉朝的财物，所以才让卢芳回内地叫他投降。后来卢芳向汉朝表功，说是自己主动前来投降的；压根不提受匈奴所遣这回事。单于偷鸡不成蚀把米，哑巴吃黄连有苦说不出；心里这个气啊，于是就起劲的侵扰内地。
［点评］
卢芳即冒称汉武帝曾孙的刘文伯， 是安定三水（今宁夏同心东）人，他在匈奴的扶持下称为汉皇帝。因为卢芳远在大西北，刘秀一直没有时间和精力去对付他，卢芳经常伙同匈奴骑兵过境抢掠 ，日子过得相对滋润。刘秀平定隗嚣与公孙述后，卢芳的部将想挟持他投降刘秀，他带着十几个人逃到匈奴。匈奴单于见卢芳没有什么利用价值了，而汉朝已公布对卢芳高额悬赏，便想用卢芳换钱财。不过，我们对单于的智商感到着急，如果贪图赏赐，那就应该自己把卢芳抓起来，直接交给汉朝。卢芳知道匈奴已经靠不住了，自然会自己投降汉朝，换取交换条件，哪能把自己卖了，让单于数钱呢？
马援奏请恢复铸造、使用五铢钱，刘秀批准；这一措施给百姓带来方便。
年底，卢芳按照约定进京朝觐，南下到达昌平；谁知刘秀又不让他来了，让他明年再来。
建武十七年（公元41年）
春正月，赵孝公刘良（刘秀叔父，开国功臣）去世。
此前怀县大姓李子春的两个孙子仗势杀人，怀县县令赵憙秉公执法，彻底查办；两个孙子被迫自杀，李子春也被收押。数十名京师贵戚替李子春求情，赵憙就是不答应。等到刘良病重，刘秀前往探视，问他还有什么心事未了；刘良说：“我和李子春一向亲厚，现在他犯了罪，县令赵憙非要杀了他；请皇上饶他一命。”刘秀说：“官吏依法行事，我不能阻拦。还是提点别的要求吧。”刘良不再开口。刘良去世后，刘秀思念叔父不已，这才赦免了李子春；同时提拔赵憙为平原郡太守。
［点评］
看来刘秀对功臣还是很有情义的，所以他不让功臣当官，免得他们违法乱纪自己下不去手，这件事就是一例。
郭皇后（郭圣通）失宠，时常心怀怨恨；把刘秀气得够呛。十月十九日，刘秀废掉郭皇后，立原配阴贵人为皇后。刘秀下诏：“这本是不寻常事，并非国家福分；不得庆祝。”郅恽（郭圣通长子、太子刘彊的老师）对刘秀说：“夫妇私情，做父亲的也无权干涉；更何况臣子之对于君王！所以废后立后之事我不敢说什么。即便如此，我还是想提醒陛下要通盘考虑，以免招人说三道四、有伤国体。”刘秀说：“郅恽善于将心比心，知道我不会不顾天下人的反应而偏颇行事。”刘秀晋封郭圣通的次子右翊公刘辅为中山王，并把常山郡并入中山国；然后封郭圣通为中山太后。水涨船高，其余的九位国公（皇子）也都晋封为王。
［点评］
刘秀和郭圣通当初属于政治婚姻。 “娶妻当得阴丽华”这是刘秀一生的梦想和动力，这是刻骨铭心的誓言。刘秀称帝后，阴丽华识大体顾全大局，主动让出了皇后之位，这让刘秀更加愧疚，一心想要弥补心中这个缺憾。阴丽华所生长子刘阳，从小就聪慧异常，光武对之十分喜爱。阴丽华母子都是刘秀平生最钟爱的人，郭圣通这个皇后之位是很难坐牢的。 光武既有废后之心，郭圣通冷暖自知，难免生气有怨言。 光武于是顺水推舟，下诏责备郭圣通，废除了她皇后之位。郭圣通的怨言也是因为光武有废后之意。 说白了，光武就是想立阴丽华为皇后，和郭圣通有没有过错没有任何关系。
废除皇后是国家大事，如果放在别的朝代，斗争会相当惨烈，死多少人都不稀奇，但在刘秀这里则平稳过渡，成功软着陆。没有造成任何人员伤亡，权当让郭圣通退休了 。
郅恽对刘秀说的话，是暗指太子问题，但两人都点到为止。太子暂时没事，不过事态还会发展。
十月二十二日，刘秀临幸章陵，修葺先人墓园祭庙，祭祀旧宅，巡视田地农舍，置酒作乐，赏赐乡里。当时宗室中的大娘、婶子们喝高兴了，聚在一起说长道短：“文叔（刘秀表字）小时候就是个诚实谨慎的孩子，不怎么会说好听话，倒是对人挺亲热的；没成想当上皇帝了！”刘秀一听大笑不止，说：“我治理天下，也要对人亲热。”十二月，刘秀从章陵返回洛阳。
这一年，莎车王贤又派使者前来进贡，再次要求设置西域都护；刘秀颁赐西域都护的印信、绶带给贤，还赏赐了车辆、旗帜、黄金、锦绣等物。敦煌太守裴遵上书说：“不能把大权交给夷狄，而且这样做还会让其它国家失望。”刘秀诏令收回莎车王贤的西域都护印信、绶带，改为颁赐汉大将军印信、绶带；莎车使者不肯，裴遵强行夺回。莎车王贤为此心生怨恨，可是他仍然假冒汉朝西域都护，向西域各国颁发照会，西域各国全都表示服从。
匈奴、鲜卑、赤山乌桓三方连兵，屡次侵扰内地，抢劫、杀戮官民；刘秀任命襄贲县令祭肜为辽东太守。祭肜十分勇猛，冲锋陷阵常常身先士卒，屡次击退进犯的敌人。祭肜是祭遵的堂弟。
交趾郡的征侧为寇作乱已经有些年头了，刘秀诏令长沙、合浦、交趾等郡准备车辆、船只，平整道路，在山谷溪流上架设通道，储备粮草；任命马援为伏波将军，扶乐侯刘隆为副将，南征交趾。
建武十八年（公元42年）
二月，蜀郡守将史歆反叛，攻打太守张穆，张穆越过城墙逃走；宕渠县（四川渠县东北）人杨伟等起兵响应应歆。刘秀派吴汉等人率领一万余人前往征讨。
马援沿着海边推进，依山开辟道路一千多里，达到浪泊(越南仙山)，与征侧展开激战，大获全胜；马援乘胜追击征侧到达禁谿（越南河内境内）。征侧部众四散奔逃。
卢芳没能到洛阳觐见刘秀，不知道发生了什么事；自昌平返回高柳县后疑虑重重，就又造反了。一连几个月，卢芳与闵堪相互攻打。匈奴派出几百名骑兵把卢芳接出塞外。其后，卢芳留居匈奴十多年，最后病死在匈奴。
［点评］
其实，卢芳也是过虑了。以刘秀的人格和信用，断不至于封他代王，又骗他来杀掉，杀一个衷心归顺的人有什么意义和价值呢？就算刘秀要杀卢芳，至少也要把他骗到京城洛阳来再下手吧，何必半路让他回去，这不是放他一条生路吗？事情本来很简单，现在天下刚刚统一，百废待兴，类似朝见这样的庆祝活动，等闲下来了再进行不迟。卢芳因为欠缺基本的逻辑分析能力，对刘秀此举产生了重大误解，于是亡命他乡。
吴汉征发广汉、巴、蜀三郡部队包围成都，一连围了一百多天；直到秋七月才将其攻陷，斩杀史歆等人。接着吴汉乘船顺江而下，抵达巴郡；杨伟等叛逆四散奔逃。吴汉诛杀了叛军首领，把他们的党羽数百家迁徙到南郡、长沙郡；然后返回洛阳。
这一年撤销州牧，设置刺史。
