Day 3_1 配置minicoda

minicoda清华

https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh 
source .bashrc #####激活
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
image.png

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

第二步创建名为rna的软件安装环境

conda create -n rna python=2 ####创建环境变量
source activate rna ####激活环境
conda info --envs  ####查看环境
conda search sra-tools
conda install -y sra-tools

bioconda 搜索地址 搜索有无相关软件
https://bioconda.github.io/recipes.html

fastqc 质控软件
HISAT2 比对软件

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