R包学习

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安装加载

• 镜像设置

1. 通过options()BioC_mirror检验Bioconductor的镜像
2. 自定义CRAN和Bioconductor的下载镜像：
   options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
   options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源
   3.高级模式
   R的配置文件 .Rprofile：file.edit('~/.Rprofile')→上面两行代码→保存→重启Rstudio

• 安装
  install.packages(“包”) or BiocManager::install(“包”)
• 加载
  library(包) or require(包)

dplyr五个基础函数

• mutate(),新增列
  mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)
• select(),按列筛选
  按列号筛选：select(test,1)；select(test,c(1,5))；select(test,Sepal.Length)（不是很理解）
  按列名筛选：select(test, Petal.Length, Petal.Width)
• filter()筛选行
  filter(test, Species == "setosa")
• arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序
  arrange(test, Sepal.Length)#默认从小到大排序
  arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小
• summarise()：汇总
  summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))# 计算Sepal.Length的平均值和标准差

dplyr两个实用技能

• 管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)
• count统计某列的unique值
  count(test,Species)

dplyr处理关系数据

• 內连inner_join,取交集
  inner_join(test1, test2, by = "x")
• 左连left_join
  left_join(test1, test2, by = 'x')
• 全连full_join
  full_join( test1, test2, by = 'x')
• 半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join
  semi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')
• 反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join
  anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')
• 简单合并
  test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))
  test2 <- data.frame(x = c(5,6), y = c(50,60))
  test3 <- data.frame(z = c(100,200,300,400))
  bind_rows(test1, test2)
  bind_cols(test1, test3)
  学着挺吃力的，我不想全程笔记和教程一样，奈何无法用其他方式呈现