今天在mac上安装 bcftools，mac上什么都没有。
brew下载前两个成功，第三个找不到。
在我准备放弃的时候，我用了brew install HTSlib，然后就自动下载了。。。。。
没有手动安装，但是找到了压缩包下载后安装的教程：
https://jingyan.baidu.com/article/02027811617b971bcd9ce541.html
整个过程就是没什么brew什么。
autotools的安装： autoheader autoconf ./configure make
使用bcftools合并vcf文件
for id in $(seq 279 338)
do
file="SRR2917${id} (Reads, Variants).vcf"
if [ -f "$file" ]; then
#bigzip
bgzip-c -f -@ 10 SRR2917${id}\ \(Reads\,\ Variants\).vcf > ./zipout/SRR2917${id}.vcf.gz
echo "*****SRR2917${id}.zip done*****"
#index
bcftools index-t ./zipout/SRR2917${id}.vcf.gz
fi
done
对于bcftools merge语句使用：
merge的输入文件，我们把所有文件名放在一个文本文件中，并把文本文件命名给字符串使用，并且需要把换行符改成空格：
ls *.vcf.gz > name.txt
names=$(cat name.txt)
name=$(echo $names|tr '\n' '\t')
plink将vcf文件转化成bed bim fam文件：https://www.jianshu.com/p/dc82fcbe3cda
plink --vcf merge.vcf --allow-extra-chr --maf 0.05 --recode --vcf-idspace-to . --vcf-half-call 'missing' --out merge
allow-extra-chr 是因为染色体分的有问题
vcf-idspace-to . 是因为sampleID中有空格
plink -file merge --maf 0.05 --allow-extra-chr --make-bed --out merge
