世界卫生组织在2002年发布的《食品中益生菌评估指导》，指出益生菌的功效具有菌株特定性。常用益生菌有以下种类。
一、乳杆菌属
1、嗜酸乳杆菌：促进乳糖的消化吸收，缓解乳糖不耐症，提高蛋白质、维生素等的吸收，降低血清胆固醇、提高机体免疫力和抑制肿瘤发生的能力。
2、干酪乳杆菌：预防肠道不适，提升免疫力，使肠道菌丛正常化，抑制过敏物质释放及改善儿童轮状病毒造成的腹泻症状。
3、植物乳杆菌：可促进消化吸收、减轻肠道激燥症（腹痛、排便习惯改变、胀气、腹胀、解便不尽感等）抑制肠内致病菌生长，预防癌症。
4、德氏乳杆菌保加利亚亚种（保加利亚乳杆菌）：调节胃肠道健康、促进消化吸收、增加免疫功能、抗癌抗肿瘤等。
5、发酵乳杆菌：水解胆盐、降胆固醇的功能，调节宿主体内微生物菌群的平衡，对宿主健康具有促进作用。
6、约氏乳杆菌：调整人体免疫激素的分泌，进而有效缓解过敏症状与改善过敏体质。
7、副干酪乳杆菌：对过敏性鼻炎、过敏性结膜炎、过敏性气喘及异位性皮肤炎等过敏症状有良好的疗效。
8、罗伊氏乳杆菌：可改善人体机能，提高免疫力，对维持新生儿和成年人的肠胃健康由积极的意义。
9、瑞士乳杆菌：具有降低血压、促进钙铁吸收、抑制肿瘤、调整肠内菌落平衡、增强睡眠、增加免疫力、延年益寿等功效。
10、鼠李糖乳杆菌：提高人体免疫T细胞的活性，提高人体对抗外来微生物和抗癌细胞的能力。
11、唾液乳杆菌：有助于调整过敏体质，降低过敏免疫反应。
二、双歧杆菌属
青春双歧杆菌：刺激肠蠕动，减少水分的过度吸收而缓解便秘症状，有利于调整内分泌免疫功能恢复。具有显著的抗衰老作用，可明显增加血中超氧化物歧化酶（SOD)的活性与含量。从而减少自由基的氧化反应和对人体细胞的损伤，具有延年益寿的功效。
动物双歧杆菌（乳双歧杆菌）：抑制腐败菌的生长，纠正肠道菌群失调而促进营养吸收，阻止细菌易位，减少内毒素来源减轻肝脏损害，改善肝功能，分解致癌物起到防癌作用，促进肠蠕动，改善便秘。
两歧双歧杆菌：双歧杆菌具有调节肠道菌群的作用，治疗因过量使用抗生素而导致的抗生素相关性腹泻疾病。对儿童急慢性腹泻具有很好的治疗作用。
短双歧杆菌：帮助亚健康人群恢复健康（，口腔异味、唇舌溃烂、肌肤缺乏弹性、毛发干枯、颜面生痘、黑晕、便秘、腹泻等）可降低致癌危险，减少有害菌（如大肠杆菌）的危害。
婴儿双歧杆菌：抗过敏、抗肿瘤、调整肠道功能及改善营养的作用，预防腹泻，减少便秘，预防和治疗各种肠道疾病。
长双歧杆菌：能够抑制肠道内肠杆菌各种细菌过量繁殖，调整肠道菌群平衡，具有减少内毒素来源，降低血内毒素水平作用。用于各种原因所致肠菌群失调疾病，如急慢性肠炎、腹泻、便秘等肠功能紊乱的防治，以及由菌群失调所致血内毒素升高疾病，如急慢性肝炎、肝硬化、肝癌等的辅助治疗。
三、链球菌属
嗜热链球菌：提高乳糖不耐症患者对乳糖的消化作用，促进肠道免疫系统发挥作用，缓解溃疡和炎症，减少肠道和生殖道感染，降低癌症的发生风险。
