文献：通过RNP-MaP确定RNA与蛋白质作用的核心功能区域的方法来分析RNA-蛋白质互作网络
发表时间：2021年3月
BACKGROUND
作者
生物化学实验室，研究领域是RNA的结构与功能，RNA治疗。
研究方向主要有两个：①通过化学原理，高分辨率地研究RNA空间结构及其功能。
②用如上技术研究以RNA为基础的生物系统的作用、功能以及其疾病机理。
General Idea
文章发表了一种新的研究RNA-蛋白质相互作用网络的方法——RNP-MaP，应用于U1核糖核蛋白、RNase P和RMRP蛋白、XIST长非编码RNA结合蛋白这三种蛋白质，与其相结合的RNA的相互作用关系，从而证明了RNP-MaP是一种高效的方法。
DETAILS
1)Mechanism——RNP-MaP strategy
运用一种可以进入细胞的化合物NHS-diazirine (SDA)对蛋白质及其在RNA上的结合位点进行交联。具体原理如下：
SDA有两个反应区域，一个亚氨基，可以与氨基酸（主要是赖氨酸）反应形成氨键；另一个反应区域是双吖丙啶，经过长波紫外照射后形成卡宾或重氮化合物，攻击核苷酸。交联条件：氨基距离4A以内，赖氨酸约8A。
将SDA加入细胞培养基，SDA进入细胞与蛋白质交联，用紫外光照射，产生卡宾或重氮化合物并与RNA相应位点交联。将细胞裂解并消化蛋白质，得到交联多肽加合物的RNA链。将RNA反转录，cDNA测序，数据分析后可以得到突变标记的蛋白质结合位点以及蛋白质结合位点之间的关联。
在缺失SDA或缺失UV light照射或细胞外的条件下测试该方法，发现SDA+UV+细胞内都是实验成功的必要条件。
2) Experiment 1：U1 small nuclear ribonucleoprotein
3) Experiment 2：conserved interaction network in RNase P and RMRP RNAs
be continued......
REFERENCE
[1] Weidmann, C.A., Mustoe, A.M., Jariwala, P.B. et al. Analysis of RNA–protein networks with RNP-MaP defines functional hubs on RNA. Nat Biotechnol 39, 347–356 (2021).
[2] https://chem.unc.edu/faculty/weeks-kevin/
