Linux软件下载、安装

1.下载应用商店Miniconda软件（来自清华镜像）

根据uname -a指令查看当前使用服务器参数，找到对应软件版本并复制下载链接
cd biosoft进入目标目录
wget+下载链接下载软件

2.安装、激活Miniconda软件、添加镜像

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh安装程序包
source ~/.bashrc激活软件
添加镜像网站

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

应用商店Miniconda的使用

conda list查看应用商店Miniconda中软件列表
conda search fastqc在conda中搜索fastqc软件
conda install fastqc -y自动安装
conda remove fastqc -y自动卸载

3.conda环境

conda info --envs查看conda环境
conda creat -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y新建python版本为3的conda环境，并自动下载fastqc和trimmomatic软件
conda activate rna-seq激活新建的rna-seq conda环境