p值,Bonferroni校正,FDR法,q-value,多重检验

单次检验:为控制假阳性率,设置假阳性率阈值(α)为0.05,p<0.05即认为差异显著。

多重检验:多次统计检验会增加总体的的假阳性率。例如,比较两组样本的1000个基因,每个检验的显著阈值还定为0.05的话,总的假阳性率最大有可能接近0.05*1000=50,即1000个显著差异基因中有50个是假阳性的。为了控制总体的假阳性率,需要对多重检验中单个检验的显著性进行校正。常用方法:

(1)Bonferroni校正法,进行了多少次检验,单次阈值(称为校正α,或α’)=0.05/检验次数n,这样总体的假阳性率(n×α’)控制在0.05以下。但这种方法在检验次数较多时阈值过于严格,1000次检验的α’=0.05/1000=0.00005。

(2)FDR法/q-value法:False discovery rate (FDR)即错误发现率。如进行了1000次检验,为了将1000次检验总体的错误发现率控制在一个阈值(如0.05)以下,将单个检验获得的原始p值及其在1000个检验的p值中的秩次通过Benjamini and Hochberg法(BH法)计算校正后的p值,使用该校正p值(也称q-value)与FDR阈值(0.05)进行比较,判断显著性。

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