DAY 3 Linux系统软件安装.png
一 . conda, anaconda, miniconda的区别
conda是通用的包管理器，它是为Python程序创建的，但它可以为任何语言打包和分发软件，比如能装pip包（例如numpy)，也能装其他语言的软件包（例如ninja, cmake).
anaconda相当于conda+python+pip+一堆python科学计算常用包(numpy, scipy, matplotlib等)
miniconda相当于conda+python+pip，轻量级。
miniconda/anaconda能节省在环境配置上的时间开销。
参考：
简明conda使用指南
2020-02-19 初识Miniconda、Conda
二 .miniconda软件安装
#查看服务器是多少位
uname -a
#下载安装包
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 这个版本是适合于linux的
curl -O https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh
# 这个适用mac用户
#latest 是最新版本
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装miniconda
# 安装过程中停顿依次按照 ：按enter-空格-空格-空格-输入yes-按enter-输入yes（press enter:按enter，[no]>>>：yes,[more]:空格）
source ~/.bashrc# 激活配置
# 第三步：配置镜像
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
# 使用清华的镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
# 执行完上述命令后(复制黏贴)，会生成~/.condarc，可以cat ~/.condarc
# 第四步：创建conda环境并安装软件
conda info --envs #查看当前conda的所有环境(前面带*的就是默认的)
conda list #查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda search fastqc #搜索 fastqc
#推荐从conda网页内查找：http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html
conda install fastqc=0.11.7 -y #安装指定版本0.11.7的 fastqc（去掉=，默认最新，=为模糊匹配，==为精确匹配）
fastqc --help #调取软件的帮助文档，有则安装成功
which fastqc #查看 fastqc 安装的位置
conda update fastqc -y #更新 fastqc
conda remove fastqc -y #卸载 fastqc
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y # 创建名为rna-seq的软件安装环境，同时安装python=3版本的fastqc trimmomatic（-y表示安装过程所有回答yes）
conda info --envs #再次查看一下我们的conda环境
conda activate rna-seq #激活新的conda环境了（成功了的话，默认的*就会转移到rna-seq前面，另外用户名root前面出现了(rna-seq)）
conda deactivate # 退出当前环境
