生信小组Day3 linux环境下的软件安装--星期八

1. 软件包管理器Miniconda

简单介绍：

宛如App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。（生信软件常用的有一千多款）

conda是大Boss，最初为管理python包而建立，它是一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。

anaconda是总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙。

miniconda是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域。

小白贴士：

镜像（Mirroring）是一种文件存储形式，是冗余的一种类型，一个磁盘上的数据在另一个磁盘上存在一个完全相同的副本即为镜像。
镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。
conda里面： Windows用户请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，是鼠标左键和右键。

2. 安装步骤

(1) 百度或谷歌搜索：miniconda 清华（清华的conda镜像网站）

（2）登录服务器，输入命令 uname -a #查看服务器是多少位

（3）右键复制最新（latest）的下载链接

例如：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

（4）回车下载

sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

（5）安装miniconda

输入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
press Enter
insert yes
press Enter
[图片上传失败...(image-cfc8c0-1604482660803)]
安装成功

（6）source ~/.bashrc #激活

输入conda，出现满屏的信息，说明安装成功

注意：若安装不成功，输入rm -r miniconda3 #删除该文件，重新开始安装步骤。

（7）添加镜像：把下面的代码全部复制到命令行，粘贴、回车（一共4行）

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

3. 使用miniconda

（1）conda list #查看当前服务器上安装的所有软件列表

（2） conda search fastqc #搜索conda软件【这里以数据质控软件fastqc为例】

（3）conda install fastqc -y #安装软件【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes】

（4）conda remove fastqc -y #卸载软件

2. conda 环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

（1）conda info --envs #查看当前conda有哪些环境 (前面带*的就是默认的)

（2）例子：处理转录组数据

先建立一个名叫rnaseq的conda环境，指定python版本是3

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成，这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的）

注意：出现这个有可能是因为没有下载完成，多下载几次就好。

（3）创建完之后，conda info --envs #再次查看一下我们的conda环境，多了一个rna-seq（但是默认还是base）

（4）conda activate rna-seq #激活新的conda环境（默认的*就会转移到rna-seq前，用户名前面出现了(rna-seq)）

**注意：可以输入fastqc试试（不用安装Xmanager，选否，如果出现一大片信息就说明可以使用了（其实这些是帮助信息，你只输入了一个软件名称，没有给他跟上操作对象，所以他不会执行命令，就给你显示帮助文档让你看看）