莎莎写于2020.5.1
学校第一批返校的同学已经解封了，我还在宾馆隔离
我今天在这里立个Flag：每天都要写简书✍
哈哈哈，可能不太现实，但是至少今天是新的一个月的开始
要好好学习！！！
好啦，今天学习比对到参考基因组，我们拿到经过剪切reads的数据之后，就需要比对到参考基因组，这里学习两个软件：hisat2和subjunc
分析流程
比对
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首先需要构建基因组索引，
① 官网构建好的索引地址：ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/
官网上有的最好下载使用
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② 可以通过hisat2-build构建基因组索引
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索引构建好之后就可以进行转录组数据的比对
（1）Hisat2
Hisat2：graph-based alignment of next generation sequencing reads to a population of genomes
Hisat2主要是用来进行转录组数据的比对。
使用--help查看选项和参数。
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使用hisat2将reads比对到参考基因组
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下面是批量比对：
hisat2批处理脚本内容:
需要两个输入文件：索引文件和fastq文件
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MultiQC整理hisat2结果：
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（2）Subjunc：http://subread.sourceforge.net/
subjunc是subread里面的一个软件包
第一步依然是构建基因组索引
索引文件有5.8G
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第2步是使用subjunc将reads比对到参考基因组
subjunc命令运行示例：
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下面是sunbjunc批量比对所有样本：
subjunc批处理脚本内容
和Hisat2是一样的
最后是用flagstat检查比对失败reads
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