最近在做一个SCENIC 下游的分析，看到了一个叫CSI（Connection specificity index）的东西，大概的原理就是利用AUC的分数通过pearson相关系数，计算出regulon之间的关联程度。这个方法最早于2013年发表在nature methods 上面
原始文献：[Nat Methods. 2013 Dec; 10(12): 1169–1176.]
计算公式如下图所示，公式：
有人很热心的做了一个R包，https://github.com/FloWuenne/scFunctions，一开始觉得真是个好心人，用了之后我却想骂人，原因是为什么呢？原因就是，该R包的作者根本就没把公式正确的翻译到包里。却十分迷惑性的也给计算结果取了同样的名字CSI。
为什么会发现这个问题呢？原因是我同时使用了这个R包和另外一段Python 代码，用相同的数据进行了计算，结果发现很不一样。对此我十分迷惑不解，于是就花了一些时间来研究到底是为什么。
本来是不需要明白这个是怎么算的的，但是为了研究这个问题，花时间读了R包代码和python 的代码，免费的果然是最贵的。结果发现这个R包是个坑货。问题如下：
问题一，正式的公式分子选取的是大于和等于，如上图，上述R包在计算时只选取了大于，忽略了等于部分，也许问题不大。
问题二，正式公式有个0.05 的常数，用以做调整，R包忽略了这个常数。
问题三，R包中计算计分子部分的节点数目的方法就是错的
问题四，正式公式最后是用1 减去得到的分数的，R包同样忽略了。
所以问题来了，用它计算的出来的东西还能叫CSI 吗？我觉得是不可以的，但是作者就这么叫了，不光这么叫了，以下文章的作者还引用了这个包，发了文章了。
以下是用这个R包发的文章
1: [https://doi.org/10.14348/molcells.2021.0211]
2: [Clin Transl Med . 2021 Aug;11(8):e500. doi: 10.1002/ctm2.500.]
3: [J Exp Med (2022) 219 (5): e20212414.]
还有另外几个就不说了。
你说说，这是叫做什么玩意，R包的作者能不能有点责任感？如果你不明白，别瞎写害人好不好？如果知道是自己瞎写的，能不能说明一下？
调包侠们能不能用点心？？？在该包的github 上都有人问了这个问题了，你的公式用对了没有，作者没回答，掉包侠们也看不见？你们是管干什么的？
此外也看出这个所谓的同行评审到底是个什么玩意了吧？什么专家，都是Bullshit，没人会仔细看到底你做了什么，你只要你号称你干了什么就可以了，他们根本没本事发现你到底做没做，做对了没有，究其根本原因就是这些个专家都不是专家，沽名钓誉之辈而已。倘若你没真的修过车，你觉得你读完修车手册你就能修车了吗？
文章作假为什么这么普遍，因为你只要自己能过心里那一关，就可以了，除了你自己，没真正明白你到底做了什么。
