linux环境下安装使用miniconda
1. Miniconda是什么？
conda、miniconda和anaconda的关系
2. 将miniconda下载到服务器上
1 ssh bio06@42.192.49.166 #登录服务器
2 password:
3 cd ~/biosoft #进入biosoft目录
4 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #wget下载到biosoft目录
3. 安装miniconda
1 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2 Please, press ENTER to continue #输enter
3 Do you accept the license terms? [yes|no]
4 [no] >>> yes #输yes
5 [/home/bio06/miniconda3] >>> #输enter
6 Thank you for installing Miniconda3! #安装成功
7 source ~/.bashrc #激活 conda
8 conda #出现满屏的信息说明成功了
9 ##视频安装链接：https://share.weiyun.com/5J82l9g 密码：iwcd4k
10 # 使用中科大的镜像 添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
4. 开始使用miniconda
1 conda list
2 conda install fastqc -y #-y是yes，安装过程中conda问的问题全部回答yes
3 fastqc --help #如果出现一大篇帮助文档，说明已经安装成功
4 conda remove fastqc -y #卸载软件
5. conda环境（以rna-seq为例）
1 conda info --envs #回车后前面带*的就是默认的
2 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #建立一个名叫rnaseq的conda环境
3 conda info --envs #再看一下conda环境，多了个rna-seq，默认还是base
4 conda activate rna-seq #激活新的conda环境
默认的*就会转移到rna-seq前面，用户名bio06@VM-0-6-ubuntu前面出现了(rna-seq)
5 fastqc #出现下面的一大片帮助信息就说明可以使用了
6 conda deactivate #退出当前环境