学习内容
1. Linux环境下的miniconda下载
1.1 Bioconda专门用来管理生物信息学的相关软件
1.2 Bioconda使用要先安装conda，有两个版本：miniconda、anaconda。在此重点学习miniconda的下载
（1）百度搜索miniconda 清华，点击进入
image.png
（2）miniconda有很多版本，但要下载对应自己电脑的版本（注：最新版）
我的是Windows，服务器64位，下载Miniconda3-latest-Linux-x86_64
image.png
复制的链接如下
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
注：sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀。如果后续安装失败了，脚本文件可以再次利用而不需要重复下载。
（3）下载命令（注：连接服务器，linux中是先选中，复制鼠标左键，粘贴是鼠标右键，不要使用Ctrl+ C/V ）
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2. Linux环境下的miniconda安装
2.1 开始安装命令（注：如果后续安装失败再从这一步开始安装）
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2.2 安装过程
（1）接下来开始安装，之后会有一系列版权证明，连续按Enter即可，直到看到
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（2）然后输入Yes之后再按Enter键（注：选安装位置）
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（3）最后输入Yes
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（4）安装成功
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（5）激活（这个步骤相当重要）
输入下列代码进行激活
source ~/.bashrc
（6）测试（输入conda，出现一大串东西即为安装成功）
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3. 添加镜像（在国内一般使用清华镜像）
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这个图片中的镜像输错了，结果导致后面的做不出来，然后用rm ~/.condarc删除了之前错误的镜像，再重新输入了正确的，如下图
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4. Linux环境下的miniconda使用（以fastqc软件为例）
（1）搜索fastqc软件
用代码conda search fastqc
（2）安装fastqc软件
用代码conda install fastqc -y
注：-y是自动安装，默认安装最新版本，但是如果要安装指定版本，代码如下：
conda install fastqc=特定版本号 -y
image.png
（3）卸载fastqc软件
用代码conda remove fastqc -y
5. conda环境
5.1 什么是conda环境
可以通俗的理解成为了分析不同的数据，需要不同的软件，软件之间的应用又有版本的要求，那么需要不同的项目，搭建定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。
5.2 查看当前conda环境列表（注：带*的就是默认的环境，可见目前只有base环境）
用代码conda info --envs
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5.3 建立一个新的conda环境并安装软件
先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
用代码conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
5.4 再次查看conda环境
用代码conda info --envs
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查看发现多了一个rna-seq，但是默认环境还是base
5.5 激活新的conda环境
用代码conda activate rna-seq
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此时“*”就会转移到rna-seq前面，并且在用户名前面出现了(rna-seq)
再输入fastqc，若下面一大串信息，证明可以使用了
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最后再来一张思维导图
Linux图2.png
