学习资源 B站：生信基础课 初学者入门Linux最少必要的知识点
关键词 生物信息学 linux seqkit hg19
- linux基础操作
- 将软件加入环境变量快捷使用
一、基础操作
1. 总览
基础操作总览
命令和参数间有一个空格
2.ls 及其参数
ls -l
ls -lh
ls -l 文件信息列形式显示
ls -lh 文件信息列形式显示且大小以KB为单位
3.cd 切换路径
- cd .. 返回上级路径
- cd / 返回根目录
4.mkdir 新建文件夹
5.mv A B 把A改名为B
mkdir & mv
6.wget 链接 下载
- crtl+c 停止当前操作
- alt+a 未知。。下载进程继续但是又出现一行，按了多次 以至于下载进度条出现了多个
-
下载人类参考基因组
wget 链接
7. .gz为压缩形式 zless 查看压缩文件内容
zless hg19.fa.gz
8.gunzip 解压缩文件
gunzip hg19.fa.gz
9. less 查看其内容
- 空格向下翻页
-
按q退出
less hg19.fa
10.head tail 查看部分内容
head & tail
11.cat 终端窗口显示全部内容 不推荐
- 内容多时会不停输出 窗口挤爆
-
ctrl/command +c 撤销当前行、停止当前操作
cat & CTRL c
12.结束
- rm 删除文件
- rmdir 删除文件夹
-
cd .. 返回上级目录
rm rmdir cd ..
13.获取命令帮助
- man
- help
- info
- 网站搜索
二、环境变量
1.变量
-
环境变量
- 作用范围广
- 系统任务
-
局部变量
- 作用范围小
- 临时使用
2. echo $环境变量名
$ 后为变量名
查看path环境变量
（可用 “ssh 用户名@ip地址” 登录服务器）
echo $变量名
ls 其中一个路径 可以看其中包含的命令
ls 查看
准备一个文件夹
- mkdir 默认不能套多层路径
-
mkdir -p 多层路径
mkdir -p
seqkit
① tar -zxvf 解压缩 tar.gz文件
tar -zxvf
② 执行seqkit
-
相对路径执行
./seqkit -
绝对路径执行
绝对路径要找对 - 权限修改
- chmod 055 没收读、写、执行权限
-
chmod 755 赋予权限
chmod 055 seqkit
chmod 755 seqkit
③ 增加环境变量
- pwd 查看当前路径
- export 变量名:$变量名:路径 增加环境变量命令 这是暂时的 重启就没了
- vim ~/.bashrc 打开配置文件 在配置文件里增加即可永久增加
export PATH:$PATH:路径
配置文件内更改
永久增加后，exit 或 logout 后重新进入，依然可以使用，永久√
