Obsolete software · ncbi/sra-tools Wiki (github.com)
https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.7/sratoolkit.2.10.7-ubuntu64.tar.gz
注意最好不要用conda安装sratools,或者注意conda安装的是不是2.10以上的版本。
因为一般conda用国内镜像安装sratools安装的会是2.8版本,这会带来一些问题,那就是NCBI早就改版了,用的是https而不是http,所以使用conda安装到的2.8版本转了半天圈都不会下载任何东西给你,你需要安装比较新的2.10版本以上的
一年以前遇到过这种坑,但是在之前的服务器我已经解决了这个问题,现在换了个服务器,结果发现我忘记有这个事情了,真的是坑爹。
补充一个下载sra数据并直接转换为fastq文件的工具:
https://www.jianshu.com/p/6f7ceb331e97