赤眉军准备西进陇地，隗嚣派将军杨广阻截；杨广打败赤眉军，追击到乌氏、泾阳一带，再次将其打败。赤眉军走到阳城番须道（平凉华亭马峡）中，遭遇漫天大雪，山谷间白茫茫一片，很多士兵都被冻死了；于是赤眉军又返回关中地区。没的抢了就挖坟掘墓。前汉皇陵不仅宝物被洗劫一空，尸体也被倒蹬出来。凡是用金缕玉衣装殓的尸体大都栩栩如生，有暴徒居然奸污吕后尸体。
［点评］
历史上确曾有过盗墓奸尸的现象（现代也不乏其例），实施此行者多为恋尸癖患者，对象都是比较新鲜的尸体，像赤眉军奸污200年陈年老尸实属骇人听闻。吕雉死时61岁，已是垂垂老矣的老太婆，即便活着也是形如枯槁。死去200年的她，即便有金缕玉衣护体，有特殊环境保护，充其量也只是一具面目漆黑，干瘪坚硬的陈年老尸。“赤眉军奸污吕后尸体”这种段子，很可能是后人捏造出来玷污吕后的名声，因为她当初擅权专政，牝鸡司晨，确实得罪了不少人。
邓禹派兵在郁夷进攻赤眉军，反而被赤眉军打败。邓禹撤出长安，抵达云阳。赤眉军再次进入长安。延岑（割据军阀，自称武安王）军驻扎在杜陵，赤眉军将领逢安向他发起进攻。邓禹趁着逢安精兵在城外与延岑作战的机会，率军袭击长安；不巧谢禄率领赤眉救兵赶到，邓禹战败逃走。进攻延岑的逢安反而被延岑打得大败，死伤十多万人。
廖湛率领十八万赤眉军进攻汉中王刘嘉；刘嘉在谷口与廖湛展开大战，刘嘉大胜并亲手杀死了廖湛。刘嘉随后到云阳筹措军粮。刘嘉的妻兄、新野人来歙，是刘秀姑姑的儿子。刘秀命令邓禹招降刘嘉，刘嘉通过来歙的关系亲自到邓禹的营地投降。刘嘉的宰相李宝态度傲慢，邓禹把他杀了。
冬十一月，刘秀任命廷尉岑彭为征南大将军。刘秀在大会群臣的时候，指着王常对群臣说：“这位王将军当年率领下江军诸位将领辅佐汉室，心如铁石，真是个忠臣啊！”当天刘秀任命王常为汉忠将军，派他与岑彭一道率领建义大将军朱祜（刘秀发小）等七位将军征讨邓奉（前文已经介绍过，邓奉是刘秀二姐夫邓晨侄子，曾护送刘秀家人到洛阳；吴汉纵兵劫掠南阳，邓奉将吴汉逐出，成为汉军叛将）和董訢（宛城叛军首领，与邓奉联手）。岑彭等人首先攻打堵乡的董訢，邓奉出兵营救。朱祜的部队被打败，朱祜被邓奉活捉。
铜马军、青犊军、尤来军残部共同拥立孙登为天子。孙登的部将乐玄杀死孙登，率领他手下的五万多人投降刘秀。
自冯愔叛乱后，邓禹的声望一天不如一天，再加上军粮匮乏，他的部队与赤眉军交战屡战屡败，归附他的人也渐渐离散转投他人。赤眉军以及延岑的军队胡作非为，三辅一带各郡县的大姓豪门纷纷集结民众自保，邓禹无力平定关中地区。于是刘秀派偏将军冯异接替邓禹讨伐赤眉军等乱贼。
［点评］
邓禹二十四岁风华正茂，但担负平定关中的大任还是肩膀太稚嫩，屡战屡败，已经严重损害了汉军声威。想当年高祖率一万人马从彭城出发，西进关中一举灭了暴秦，那是开天辟地的大手笔！何等英姿飒爽，至今想来令人神往，让人热血沸腾！
此时刘秀别无选择，只能换将，虽然作出这种决定很痛苦。刘秀出巡河北时，邓禹是最先从南阳连夜赶来投奔他的。派邓禹去平定关中，这是其他将领梦寐以求而不得的机会，如果成功那是一个非同小可的功绩。邓禹虽然也很珍惜这次机会，但却无力控制关中局势，奈何。
刘秀亲送冯异到黄河南岸，临别的时候刘秀告诫冯异说：“三辅地区前后遭遇王莽、更始两朝败亡的大灾难，再加上赤眉军、延岑军的蹂躏，生灵涂炭，百姓无从依靠。将军此行是奉诏讨伐贼寇。对那些归降的营寨，把他们的首领送到京师，普通百姓就地遣散，让他们都回家种地去；捣毁营寨堡垒，使他们无法再聚众闹事就行了。征伐并非一定要攻城略地，更不能杀人放火；重要的是平息叛乱、安抚百姓。其他将领并非不善于战斗，只是喜好掳掠，所以不能成功。你自然能够驾驭好你的部众，但是你还要时常告诫自己，不要再增加当地老百姓的痛苦了！”冯异叩头，谨受君命；然后就率军西进了。冯异所到之处，广布皇上恩德，树立朝廷威信；很多乱军贼寇望风而降。
司马光说：从前周人赞美武王伐纣，广布恩德，说：“铺时绎思，我徂惟求定。”意思是说圣君的军队是用来传播威望、散布恩德、安抚百姓的。光武帝之所以能够顺利的占据关中地区，就是坚持了这个原则。圣君实行王道，难道不是一件美事吗！
［点评］
此时关中地区一片混乱，除了刘秀的竞争对手，还有不断被自己人逼反的“叛军”。为什么会这样？
华杉先生对此有评论如下：之前吴汉部队在南阳“多有侵暴”，以至于自己人邓奉愤而造反，如今刘秀又亲口说“诸将非不健斗，然好掳掠。”可见刘秀的军纪也不过如此了。圣王当然只想布陈威德而安民而已，但是将士们却需要发国难财，这也是战争的潜规则。君王只是派他们去打仗，却不能拨出足够的军费，要“因粮于敌”，“以战养战”，实际上也就是默许了一张抢劫牌照，这是战争的丑恶面。《孙子兵法》讲“掠乡分众”，掠乡就是下乡抢劫，打土豪。分众就是分批去，人人有机会，不要我们在跟敌人打仗，下乡捞油水全是你们的，那军心就不平了。抢劫本身是军队的激励手段。所以曾国藩是大儒，他打下金陵城，说一分钱也没有，没有金银财宝要上缴国库，王阳明更是圣人，他平定了宸濠之乱，打下了宁王的南昌城，也是一分钱没有。钱都到哪里去了？都是将士们分了，君王是不能真正认真过问的。皇帝要天下，主将可以封侯，那么多士兵呢？有那么多官位分配吗？有那么多钱赏赐吗？大家就自己发财吧！但是像邓禹那样，抢劫耽误了正事，那就不行了。
刘秀诏还邓禹，对他说：“千万不要和陷于穷途末路的贼寇争锋！赤眉军没有后勤保障，一旦粮绝食尽就会自动向东来自投罗网。我们以饱待饥，以逸待劳；折断一根荆条就可以随意抽打他们，用不着大家操心受累。不要再妄言举兵进剿的事了！”
王夫之说：
赤眉军弃长安城而西进，不是邓禹把他们打跑的，而是他们粮食没了，到别的地方去掳掠，别的地方抢光了吃完了，他们必定还会回来。邓禹不在他们有崩溃之势之时，在后面跟踪追击，却自己晏坐长安，等他们回来。那时候他们向决堤的河水一样冲回来，还挡得住吗？于是邓禹又退守云阳了。这时候，邓禹自己士气低落，又想去反攻长安坚城，能不败吗？善用兵者，要善于掌握时机。岳飞说：“运用之妙，存乎一心。”就是这个道理。
［点评］
邓禹虽然在关中接连失利，但刘秀并没有责怪，反而给以安慰，刘秀对他是有点偏心了。
刘秀早在京师学习时就和邓禹相识，并且关系莫逆。邓禹在刘秀事业刚起步时投奔刘秀，可以算得上是元老级人物了。虽然当时刘秀身边早就有以吴汉，耿弇为首的上谷，渔阳突骑。但是上谷，渔阳两地突骑并不能算是刘秀的嫡系军队，他们是吴汉，耿弇从北地带出来的，他们听从的是吴汉等人的命令，因为吴汉等人听刘秀，他们才可以被刘秀驱使。刘秀虽然手握精锐，实则是孤家寡人。但是邓禹到来后，很快就给刘秀招募了数千人的嫡系队伍，这帮人才是刘秀的底气。邓禹在在相当长的时间里，担任的一直是刘秀的智囊， 他给刘秀提了几条很宝贵的建议，非常具有战略眼光，可以说是刘秀的指路明灯了，其重要性，不亚于高祖之张良，昭烈之诸葛。后来刘秀放邓禹自领一军去经略关中，虽然邓禹给搞砸了，但是这并没有影响邓禹在刘秀心目中的位置。
还有比较重要的事情是，王郎兴起，刘秀逃亡的时候，邓禹又跟随左右，天寒地冻中给刘秀生过火， 跟皇上一起落过难，吃过苦，有“落难兄弟”的私人情谊，这就超过了胜仗败仗之类的“小事”。
刘秀任命伏隆为光禄大夫，再次派他出使东方，传达任命张步为东莱太守的诏令。伏隆携同新任命的青州牧、太守、都尉一起动身。刘秀还授权伏隆自行任命县令及其以下各级官员。
十二月戊午日，刘秀发布诏令，新莽时被废除的宗室列侯，全部恢复原来的封国。
三辅地区遭遇严重饥荒，出现人吃人的惨状，十室九空，白骨蔽野。幸存下来的人聚集在一起，躲在营垒中自保，各自坚壁清野。赤眉军再也抢不到什么可吃的了，只好向东回撤；这时赤眉军还有二十多万人，沿途又跑散了不少。刘秀派破奸将军侯进等率军驻扎在新安县，建威大将军耿弇等率军驻扎在宜阳县，以便截断赤眉军向东的归路。刘秀敕令各位将领：“如果贼寇向东去，那么宜阳的部队就去与新安的部队会合；如果贼寇向南去，那么新安的部队就去与宜阳的部队会合。两支部队要相互配合。”冯异的部队在华阴县与赤眉军相遇，两军对抗了六十多天，打了几十仗；冯异降获了五千多名赤眉军士卒。
