顺式作用元件与反式作用因子
通常，真核细胞基因由编码蛋白质的编码区和具有调控作用的非编码区组成。其中，编码区由外显子和内含子间隔排列，而非编码区，又称“侧翼序列”，特指第一个外显子和最末一个外显子的外侧区域，包含有启动子、终止子、上游启动子元件、增强子、沉默子、反式作用因子等元件。
顺式作用元件(cis-acting element),或称顺式元件子，是存在于基因旁侧序列中能影响基因表达的序列。顺式作用元件包括启动子、增强子、沉默子 等，它们的作用是参与基因表达的调控。顺式作用元件本身不编码蛋白质,其作用是提供一个结合位点，反式作用因子通过结合在该位点上来改变结合处的特性，进而调控受此顺式作用元件影响的基因。调控方式包括对基因转录可变剪切的调控、转录起始位点的调控以及转录效率的调控。
反式作用因子(trans-acting factor)则是指通过直接结合或间接作用于DNA、RNA等核酸分子，对基因表达发挥不同调节作用(激活或抑制)的各类蛋白质，其本身对基因表达没有调控作用，只是阻断来自上、下游的调控效应。反式作用因子主要指能结合在基因序列上的特异性蛋白质──转录因子，然而随着表观遗传学的发展，研究发现除了蛋白，某些DNA,RNA片断也具有类似的调控功能，因此现在把它们算作反式作用因子。 (不仅仅是转录因子)
顺式作用元件是序列是结合位点，反式作用因子是蛋白通过结合基因序列达到调控作用。
