示例数据
提取码：8krv
配置数据
library(dplyr)
dat = read.table('otu_table_taxonomy_18531_L2.txt', row.names = 1, header = T, sep = '\t')
names(dat) = gsub('L','T',names(dat)) #替换字符，将列名称中的 `L`替换为`T`
map = read.table('map.txt',row.names = 1 ,header = T)
dat = dat[,rownames(map)] #提取部分样品，并对样品进行排序，以方便后续使用`cbind()`
dat = dat %>% t() %>% data.frame() #转置并调整数据格式，`%>%`管道符号，表示将前面的结果作为后面的操作对象
dat = cbind(dat,map)
数据转换
library(reshape2)
dat = aggregate(.~Treatment,dat,mean) %>%
.[,-ncol(.)] %>% #管道符号，表示将前面的结果作为后面的操作对象，若有多次，可以`.`代替
melt() %>% #将数据框转换为长表格
dcast(Treatment ~ variable)#将数据框转换为行~列表格,行为样品，列为物种名称
#基于总体样品中物种的平均相对丰度进行降序排列，选取前10个相对丰度较高的物种
dat = dat[,-1][,order(colMeans(dat[,-1]),decreasing = T)] %>% .[,1:10] %>%
cbind(Other = 1-rowSums(.),Treatment = dat$Treatment) ##新建一行，用于代表其他低丰度的物种
library("scales")
dat_m = dat %>% melt()
names(dat_m) = c('Treatment','taxa','value')
初步绘图
#定义`Treatment`列的出图顺序
dat_m$Treatment = factor(dat_m$Treatment,
levels = c('CK',paste(rep(c('GZ--','NF--'),each = 4),c(0.8,1.2,1.6,'2.0'),sep = ''),'SAP','SRS','JYXC','FS'))
library(ggplot2)
p <- ggplot(data = dat_m, aes(x = Treatment, y = value, fill = taxa)) +
theme_bw()+
geom_bar(stat= 'identity', position = 'fill',width = 0.5)+ #堆叠图，position = fill 表示堆叠图
labs(x = '',y = 'Relative Abundance',fill = NULL)+ #定义坐标轴以及图例标题
scale_fill_brewer(palette = 'Paired') +#自定义颜色，可通过`library(RColorBrewer);display.brewer.all()`来展示所有备选项
scale_y_continuous(labels = percent) + ## 百分比坐标轴（需加载scales包）
guides(fill = guide_legend(ncol = 1, bycol = TRUE, override.aes = list(size = 5))) +#定义图例的布局，1列，排序，图例中色块的大小增大5倍
theme(axis.title.y = element_text(face = 'bold',color = 'black',size = 14),
axis.title.x = element_text(face = 'bold',color = 'black',size = 14,vjust = -1.2),
axis.text.y = element_text(face = 'bold',color = 'black',size = 10),
axis.text.x = element_text(face = 'bold',color = 'black',size = 12,angle = 45,vjust = 0.5), #x轴标签偏转45°，并下降0.5
panel.grid = element_blank(),
legend.position = 'right',
legend.key.height = unit(0.6,'cm'),#定义图例中色块的高度
legend.text = element_text(face = 'bold',color = 'black',size = 10))
输出图片
ggsave(p, filename = 'taxa.jpg', width = 8, height = 4, dpi = 600)
