灼口综合征病因复杂，目前认为可能的诱发因素有局部、系统、精神和神经因素等多方面。
1、局部病变：局部刺激因素，如牙石、残根、残冠、锐利的牙齿边缘、不良修复体等均可引起，口腔修复体中不同金属间产生的流电刺激也是局部刺激因素之一。
2、全身病变：如激素水平变化、缺铁性贫血、糖尿病、维生素缺乏、血清铁与锌含量低下、药物性副作用、免疫性疾病、消化道疾病、外周神经生理病理改变及微循环障碍、舍古林综合征、唾液流率减少与化学成分的改变。
3、精神因素：这是原发性灼口综合征的主要病因。精神紧张、焦虑、人际关系紧张、遭受精神刺激、恐癌症、疑病症、抑郁症等往往可以引起或加重口舌疼痛不适症状，或成为灼口综合征的结果。精神因素还可造成口腔不良习惯，如磨牙症、紧咬牙、咬颊等，以致引起口腔肌肉的紧张、疼痛，从而导致本病。
4、神经系统病变：目前有较多的研究显示神经病变的参与，疼痛感可能涉及中枢与周围神经系统，灼口综合征患者可伴有三叉神经传感器小C型神经纤维的改变及唾液中神经肽的异常检出。
5、其他系统性疾病：研究发现，消化道疾病引起营养失调，B族维生素、叶酸和微量元素缺乏，可导致灼口综合征。
